http://blog.3016.net/ s2kの雑考記録。でも少し計算化学備忘録風味。 ja Copyright 2010 Thu, 11 Feb 2010 23:08:52 +0900 http://www.sixapart.com/movabletype/?v=3.2-ja-2 http://blogs.law.harvard.edu/tech/rss @chems2k : 化学関連の話題をつぶやくアカウント @akas2k : それ以外の話題をつぶやくアカウント です。やりとりする層が両者でまったく違うため、分けたほうが便利と考えたのですが…さてどうでしょうかねぇ。]]> http://blog.3016.net/2010/02/twitter.html http://blog.3016.net/2010/02/twitter.html Web Thu, 11 Feb 2010 23:08:52 +0900 ORCA 2.7.0 (2.8.0pre)のLPNOの備忘録。 思ったよりも大きな分子で計算できない。。。 環境はCentOS 5.4 (x86_64), OpneMPI 1.4.1。 GMTKN24データベースからアントラセンの二量化反応をチョイスし、LPNO-CEPA/1といろいろな基底関数を組み合わせて計算してみる。 アントラセン二量体(C28H20)の計算がネックなわけだが、Def-TZVPまではいけるがDef-TZVPPはエラー終了(orca_mdci_mpi, RETURN CODE : 35072)。Def2に至ってはTZVP(-df)でも落ちる。cc-pVxZはx=Dまでで、aug-cc-pVDZもだめ。いやぁ、もうちと行けると思ったが…何か悪いのだろうか。 メモリもすんごく使う(RAM 8GB+SWAP 14GB=22GBのうち16GBぐらいまで食いつぶす)。 重原子50個ぐらいまではうちのPCでいけるといいのに。 ↓追記あり↓ http://blog.3016.net/2010/02/post_78.html http://blog.3016.net/2010/02/post_78.html Chemistry Sat, 06 Feb 2010 21:10:19 +0900 番号やメールアドレスは変わっていませんので、おつきあいのある数少ない方、ご安心を。 写真は今のデスクトップ。メインPCで計算やらエンコードやらをしつつ、ニコ動見たりTweetしたり音楽聴いたりはX300で。家にいればZERO3が無線LANで接続できるんで、布団にもぐったってネットがストレス無く見れる。をを、これはまさに週末ニートにはぴったりじゃないか！ 写真にちっちゃくモル・タロウで作ったオセルタミビルのモデルやらWinmostarやFacioのアイコンやらが写りこんでいるのがs2kクオリティ。]]> http://blog.3016.net/2010/01/hybrid_wzero3.html http://blog.3016.net/2010/01/hybrid_wzero3.html 雑記 Sat, 30 Jan 2010 21:56:49 +0900 ORCAの新バージョン2.8.0のプレリリース(Web上では2.7.0のβ取れた版)が公開されました！このバージョンからTD-DFT gradient, OO-MP2, ECP, LPNO, 対称性サポートなどが追加されています(詳細は2.8.0マニュアル参照)。 ちなみに、ビチオフェンのシングルポイント計算をCEPA/1/TZVPで行ったときの計算時間とエネルギーは、 MO-CEPA/1：-1102.991042692 hartree, 1460.037 sec LPNO-CEPA/1：-1102.992559158 hartree, 211.164 sec とLPNOが7倍速くなっています。 ※SCFはRIJCOSXを利用、AuxBasisはTZV/JとTZV/Cの併用。]]> http://blog.3016.net/2010/01/orca_pre280.html http://blog.3016.net/2010/01/orca_pre280.html Chemistry Mon, 25 Jan 2010 20:20:09 +0900 Assault Door(Cap/猫娘。/ありおと)の第一作「CIRNO IN WONDERLAND」を紅ひろ3で買ってきました。 つい1時間前の話ですが。 これからmp3にしてじっくり聴きたいと思いまふ。 このサークルの個々人はすでにかなり有名なので、クオリティは語るまでもないところ。実はあの人形も売られていたのですが、どこに置いたもんだか…と思って今回はパスしてしまいました。帰ってから買っとけば良かったと思ったり。]]> http://blog.3016.net/2010/01/cirno_in_wonderland.html http://blog.3016.net/2010/01/cirno_in_wonderland.html Music Sun, 17 Jan 2010 12:43:38 +0900 HARD～のノンストップ仕様は大好物です(B.Bとかも良かった！)。 今後の予定は、どぶさんちの星蓮船アレンジ2枚。あとAssault Door(Capさんとありおとさん、猫娘。さんというエェーな顔ぶれ)の新作が紅のひろば3rdで出るのでこれは直接足を運んで入手する予定。ぼちぼちCD用のちゃんとした棚を用意しなくては… 学生時代にほとんどCDを買わず音楽も聴かなかった反動がこれだよ！]]> http://blog.3016.net/2010/01/cdcd.html http://blog.3016.net/2010/01/cdcd.html Music Sun, 10 Jan 2010 19:04:56 +0900 私が普段扱っている計算対象の多くは周期表で1～3周期に収まりますので、相対論効果を露に議論するようなことになったことは殆ど無いのですが、重金属の計算をすると途端にその効果を目の当たりにします。 貴金属は様々な反応を触媒するので、その素反応過程に着目した計算の研究は山のようにありますが、その多くは何らかの形で相対論効果を(多少なりとも)考慮した形で行われています。例えば相対論的有効内殻ポテンシャル(RECP)で構成された基底関数を使ったり(この場合は非相対論的な枠組みで計算します)、相対論を考慮に入れたDirac方程式及びその近似理論(DKH, RESC, NESC, UESC, ZORA, IORA, IORAmm...)で計算するなど。 結構シンプルな系の計算でもこの相対論に基づく差は体感できます。重金属と配位子の結合乖離エネルギーなどは、同じモデル化学で非相対論/相対論計算を行うと大きな差が生じることがあります。周期表で下の方の元素を扱うときは要注意ですねぇ… で、ふと振り返ると平気で相対論相対論と口に出しているわけですが、肝心のその中身がわかっているかというと、瞬殺でだんまりなわけです(笑…じゃないですね)。 Googleなんかで「相対性理論」を検索すると山のように検索結果が出てきますが、中にはこの理論の根幹に疑問を呈する方も結構いたりして面白いです。量子力学という分野も観測問題など議論のある話がいろいろ転がっているようですし、何か議論を見ているともはやそれは哲学の世界に見えてきます。 Web上で自論を(しかも実名?で)展開される方は勇気があるなぁと思いますね。本当に。 http://blog.3016.net/2010/01/post_77.html http://blog.3016.net/2010/01/post_77.html 雑記 Mon, 04 Jan 2010 18:50:05 +0900 写真はピークの4:22に撮影した月の様子で、肉眼でもはっきりと欠けているのがわかりました。去年は皆既日食が話題になりましたが、今年はさらにあと2回月食が見れるということで、月に注目です。]]> http://blog.3016.net/2010/01/201011_422.html http://blog.3016.net/2010/01/201011_422.html 雑記 Fri, 01 Jan 2010 04:13:30 +0900 しかしOrcaの使い方をいくらマスターしたとしても仕事にはまったく生きないのがねぇ… まぁ、いつも言うだけ言ってほとんど実現しないのですが。 これほど有言不実行なのもある意味清々しいと思って、生暖かい目で見守って頂ければと。]]> http://blog.3016.net/2009/12/2009_1.html http://blog.3016.net/2009/12/2009_1.html 雑記 Wed, 30 Dec 2009 17:33:57 +0900 A comment on the DGauss_A1_J basis: the DGauss program uses a more accurate fitting scheme and can therefore get away with a smaller fitting basis than ORCA. Consequently applying the DGauss_A1_J auxiliary basis together with the DGauss DZVP orbital basis will give rise to significant errors. This is not the fault of the DGauss expansion basis but is most likely a consequence of the less accurate fit used in ORCA. It is recommended to use the SV_J aux basis together with the DGauss basis (and also 6-31G and other split valence double zeta basis sets) because it is larger and will usually give rise to more accurate results. と。さいですか… Aux BasisをSV/Jに変更するとあっさり解決しました。 ※hybrid DFT計算のため、RIJCOSX近似を導入しAux Basisを使用しています]]> http://blog.3016.net/2009/12/auxiliary_basis_set.html http://blog.3016.net/2009/12/auxiliary_basis_set.html Chemistry Sun, 20 Dec 2009 20:31:30 +0900 阪大の神戸先生の方法(Ni-アリル錯体を触媒とするアルキルハライドのカップリング)の反応機構に興味があって、ほんのちょこっとだけ計算してみた、という話。 すごくざっくりとしたスキームはこんな感じ↓ ※Grignard試薬とアルキルハライドがそれぞれ超ざっくり表記で「CH₃^-」「CH₃⁺」になってます 元のスキームでは、INT2の表式はなかったと思いますが、構造最適化をしていく中で、そんな構造に行き着きました。化学的直感から納得できる構造ではあります(価数を考えると)。 それぞれの最適化構造(OLYP/SV(P),ORCA 2.7.0beta)をWinmostar3Dでレンダリングしたのがこちら↓ 　 左がINT1、右がINT2 INT1は開始点のビス(π-アリル)ニッケル錯体のアピカル位にメチルをくっつけたところ(グレーの構造)からスタートしたのですが、ゆっくりと元々提案されている通りの平面4配位構造に落ち着きました。INT2はINT1のアピカル位にまたメチルをくっつけてスタートしたのですが、今度はぷらぷらしていたσ-アリル基が寄ってきてπ-アリルに。中心の価数の変化に敏感に反応している様子が見て取れます。 まぁ、ぶっちゃけとても粗い計算なので、これでこうだと言えるものでもないですが(この計算自体、pre-optimizationとして行ったものです)、2Dのスキームより考えやすくなるような気がします。 本気でやり始めると、そもそもGrignard試薬のMgXの動きや、アルキルハライドの酸化的付加の仕方(横からか、S_N2的か)、溶媒効果など考えなくてはならないこと(かつ非常に面倒)が沢山あります。自分ですべてやるとなると、納得いく結果までに数年かかりそう… それ以前に、この系の計算はもしかしたら既に報告例があるかもしれませんね(現時点で全く調べずにやってます…別に自分が論文出すためにやっているわけでもないので)。pc-chem.infoにも遷移金属がからむ反応の解析例を載せてみたいものです。]]> http://blog.3016.net/2009/12/post_76.html http://blog.3016.net/2009/12/post_76.html Chemistry Sat, 19 Dec 2009 17:02:42 +0900 それはそうと、上の写真。 まぁ、知ってる人はしってますよね、焼肉小倉優子。行きましたよ。もうね、みんなで語尾に「りんこ」ですよ。一人素面の僕はそのペースにはさすがに乗れず。。。まぁ肉の方はそこそこ満足しましたが。]]> http://blog.3016.net/2009/12/post_75.html http://blog.3016.net/2009/12/post_75.html 雑記 Fri, 18 Dec 2009 19:41:27 +0900 http://pc-chem.info/d00/)のリンク先確認や追加削除をしました。 海外では、新しい計算モデルの検証用データセットがかなり整備され、Web上に公開されていたりします。そういったところへのリンクをいくつか追加しました。こういう仕事(ベンチマークセットの構築)は非常に地味ではありますが、計算化学への寄与が大きい仕事の一つではないでしょうか。 ]]> http://blog.3016.net/2009/12/post_74.html http://blog.3016.net/2009/12/post_74.html Web Sat, 12 Dec 2009 16:44:33 +0900 Firefly (former PC GAMESS) Home Page とはいえ、私はnVidiaのGPU使ってないんで、ちょっと速くなったMP4計算を体験できるわけではないんですが。(このためだけにGTX2xxを買うという選択肢も！？) まぁそれ以外にもMethod1のMP2のパフォーマンス向上など、実感できそうな更新がいくつもあるので、使っている人はとりあえず7.1.Gにしておきましょう。]]> http://blog.3016.net/2009/12/firefly_71g.html http://blog.3016.net/2009/12/firefly_71g.html Chemistry Mon, 07 Dec 2009 08:04:24 +0900 ORCAのユーザーMLから。 クリスマス前に次のリリースがあるらしい。ついにβが取れるのか？ 公式ページにはフォーラムも設置されて、バグ報告で添付ファイルを付けたい時とかはMLに流すよりそちらに投稿するのが吉。 とりあえずその"upcoming release"で自分が把握している不可思議な現象が再現できたら、フォーラムに投稿してみるか。 http://blog.3016.net/2009/12/orca_270.html http://blog.3016.net/2009/12/orca_270.html 雑記 Thu, 03 Dec 2009 22:12:08 +0900