3GBのメモリを積んでいますが、$SYSTEMでMWORDS=1100程度まで指定可能に(↑)。x64のcygwinがあれば、Windowsでも同じようにメモリを使えるんだろうが…まぁ、これでメモリを大量消費するNMRの計算なんかもかなり大きな分子まで実行可能になったんではなかろうか。
----
余談ですが、Fedora 9を使っていて、時々タイミング不明でUSBがきかなくなる現象がありました。マウス・キーボード・USBメモリが認識されなくなり、フリーズ状態。今後はとりあえずPS/2のマウスとキーボードでしのぐかなぁ…
【追記@15:30】
上記のUSBの問題は、キーボード/マウスについてはPS/2接続で安定。
「続きを読む」に、WineでWinmostarとFacioを動かした話を追記しました。]]>
Fedoraのダウンロード案内のページから、DL終了後に自動で検証もしてくれるBittorrentでx86-64のisoファイルをダウンロード(1.5MB/secぐらい)。
isoファイルをDVDに焼き、インストールメディア完成。
(2)Fedora 9のインストール
インストールするPCのブート順を変えて、DVDドライブを第1優先にする。
ドライブに先のインストールメディアを入れて起動。最初はメディアチェックを要求される(パスもできる)ので、とりあえずチェックしておく。無事問題がなかったのでそのまま…と思ったら、追加でチェックするディスクがあれば入れろと言ってくる。ないのでキャンセルすると、先に進まない！多分これは作成側のミスだと思うが…しょうがないので再起動し、今度はメディアチェックをパスして先に進む。ここから先は順調。
パーティションは/boot, swap, /, /home, /usr, /tmpを別に設定。tmpは大きめにとり、GAMESSのスクラッチディスク領域に使う。本当はスクラッチ分散用に/scr1と/scr2を設定しておくんだったとちと後悔。まぁ、今回はお試しなのでそれは次の機会に。HDD容量も大して無いので。
あとはとんとんと進んで何事もなく終了。Vistaのインストールに比べて格段に短時間。おそらく実動20分弱では。あ、ちなみにインストールするプログラムの選択で「プログラム開発」をチェックしておく(これをチェックしないとgfortranとかインストールされないはず)。
(3)GAMESSのインストール
2008/04/11(R1)のLinux用ソースコード(Linux用といってもほとんどのUNIX系で共通のソースコードみたいだけど)をDLし、/home/s2k以下に展開(ユーザーs2kを作ってそれで作業してます)。あとはmisc以下のreadme.unixに従って作業をするだけ。
comp, compall, lked, ddi/compddiのパス(/home/s2k/gamess)やターゲット(ここではlinux64を選択)を書き換えて保存。compddiについては、cygwinではないのでSYSV=trueのまま。
と、ここでcompallを実行しようとするとcshなんて知らないと怒られてしまうので、GUI上部のシステム＞管理＞ソフトウェアの追加/削除でtcshを追加インストール。これでcshを使えるようになる。compall, compddiはこれで無事実行できる。最後にlkedは、線形代数ライブラリがないと怒られてしまうので、tcshを追加インストールしたときと同様にatlas-3.6.0-15.fc9 (x86_64)を選択してインストール(他にもACMLやMKLが使えるが…)。これでlkedも無事に通り、実行ファイルが生成する。
(4)GAMESSの実行テスト
以前にForumで公開したrungms改を利用。DL後、改行コードを
tr -d '\r' < rungms_min2 > rungms
といった要領で変更(CRLFからLFに：上記はCRを削除している)。
あとは自環境向けに書き換えてテストジョブを流す。時間の関係でrunallはしていないが、cygwin/gfortranで問題になったMP2系のジョブも正常に並列計算できた。今のところ、別に64bitになったからといって計算が速くなった実感はないのだが…
《WineでWinmostarとFacioを動かしてみた》
プログラムの追加/削除でWine 1.0.1を導入。以前はLinuxを使う障壁の一つがプログラムのインストールだったと思いますが、今は良くも悪くも簡単になって、敷居は下がってますね。
さて、Wineをインストールしたら、あとはバンバンWin32の実行ファイルを起動できます。Winmostarのインストール(解凍)も、exeファイルをダブルクリックするだけ。あとはホームの.wineフォルダ内にできた仮想Cドライブ直下にwinmos3フォルダができます。
Facioはzipファイルを解凍した後、そのままFacio.exeを実行できます。
Winmostarは、新しいバージョン(3.73とか)だとエラーが発生して落ちます(X11絡み?スクリーンショット↓)
でも場合によってはアプリケーション＞Wine＞Wine File(↓)から起動すると普通に動いたり。
謎ですね。。。まぁ、これで分子を自由に組むのには困らないでしょう。
]]>
何かMacっぽい？
キーボードは英字onlyですが、僕は英字キーボード使いなので無問題。ていうかむしろ歓迎。液晶の解像度も高く(目が悪くなってきた自分にはちと厳しいか？)、作業領域が広く確保されているところは好印象。
問題はCPUの処理能力と筐体の排熱能力で、あちこちのレビューを見る感じ、Vistaでは若干のもたつきを感じ、またCPU使用率が高いときの筐体の発熱とファンの騒音が結構なものになるようです。やはり、この辺のサイズと価格で、いろいろと犠牲になっている感は否めません(というかしょうがない)。液晶のバックライトもLEDではなく蛍光管のようですし。
個人的には、10万を超えない領域でもうちょっと問題点が解決されたら(特にYoutubeの再生でCPU使用率が100%に到達してしまう処理能力)買いなんですが…同じVIAのプラットフォームならIsaiah待ちということになるのかもしれませんが、Isaiahになってピーク発熱は上がりそうな感じなので、その辺をどうできるか。。。
まぁ、何にせよ、今は買うつもりはありません。むしろEee PC 900の方が…うっかり買ってしまいそうでやばい。
]]>
----
前回、OSの管理外領域にRAM Diskを作成する話を書きましたが、その使い道を決めました。
ReadyBoost用に4 GB + Internet Temporary Filesに700 MBです。
RAM Diskはシャットダウンするとクリアされてしまうので、ReadyBoostの設定も起動するたびにやり直さなくてはならないわけですが、Vistaはシャットダウンせずに使うのが本道のようなので、今は休止状態を基本にしてます(低電力でメモリ領域の記憶が保持されるため、再設定が必要ない)。旅行で長期間不在のときはさすがにシャットダウンします(環境のためにも？)。
ReadyBoostによって、HDDの見かけのパフォーマンスは向上してます。システムの入っているHDDのFDBENCHの結果は以下の通り。
***** FDBENCH Ver 1.02 (C)2003-2007 ep82kazu *****
[ReadyBoostなしの場合]
Drive C:\
Drive Size 100MB
Disk Read Write RRead RWrite (KByte/s)
31629 52919 32323 18645 22629
Copy 2k 32k 256k 1MB (Operations/min)
3415 5244 4326 2172 1920
Copy 2k 32k 256k 1MB (Kbyte/Sec)
7496 117 1545 6239 22083
***** FDBENCH Ver 1.02 (C)2003-2007 ep82kazu *****
[ReadyBoostでRAMDisk4GBを指定した場合]
Drive C:\
Drive Size 100MB
Disk Read Write RRead RWrite (KByte/s)
36513 52892 46188 20508 26466
Copy 2k 32k 256k 1MB (Operations/min)
11428 8442 24678 9288 3306
Copy 2k 32k 256k 1MB (Kbyte/Sec)
18324 188 8780 26470 37858
Writeのスコアが向上してます。
※いずれも閉殻。2回同じ計算を実施した平均値。
※MCSCFは怪しげなエラーのため現在検討中。
CCは相変わらず伸びないっすね。。。ちなみに1 coreで30分程度かかる計算で比較しても、最大で1.4倍＠2 core。HF,DFTは優秀、MP2もまぁまぁ。
GAMESSは2並列で4プロセス発行するんで(しかもメイン以外の2プロセスもCPU使用率を食う…2並列で平均2.5 coreぐらいは使っているのでは)、その影響も結構大きそう？CCSDで2 coreのときにピークなのはその辺もあるかも。core数を増やせばいいってもんでもないのが面白いところ。ノード数が増えれば話は別ですが。]]>
←？？？
CONVERGED STATE 1 ENERGY= -224.2437411993 IN 0 ITERS
ALL STATES CONVERGED.
CI EIGENVECTORS WILL BE LABELED IN GROUP=C1
PRINTING CI COEFFICIENTS LARGER THAN 0.050000
STATE 1 ENERGY= -224.2437411993 S= 1.30 SZ= 0.00 SPACE SYM=A
ALPHA | BETA | COEFFICIENT
--------|--------|------------
..... DONE WITH DETERMINANT CI COMPUTATION .....
ON NODE 0 STEP CPU TIME= 0.00 TOTAL CPU TIME= 7.5 ( 0.1 MIN)
同じ入力を使っても、1 coreの計算(つまりMEMDDIなし)だとこんな感じ↓で正常終了に至る。
--------------------------------------------------
AMES LABORATORY DETERMINANTAL FULL CI
PROGRAM WRITTEN BY JOE IVANIC AND KLAUS RUEDENBERG
--------------------------------------------------
THE NUMBER OF DETERMINANTS HAVING SPACE SYMMETRY A
IN POINT GROUP C1 WITH SZ= 0.0 IS 400
WHICH INCLUDES 175 CSFS WITH S= 0.0
WHICH INCLUDES 189 CSFS WITH S= 1.0
WHICH INCLUDES 35 CSFS WITH S= 2.0
WHICH INCLUDES 1 CSFS WITH S= 3.0
THE DETERMINANT FULL CI REQUIRES 177837 WORDS
INITIAL CI VECTORS READ FROM DISK, NSTATE= 1
INITIAL FULL CI ITERATION TIME: 0.0
ITERATION ENERGY GRADIENT
0 -230.7249876870 0.10262436
1 -230.7338189446 0.04201266
2 -230.7359344336 0.00991418
3 -230.7360345648 0.00081996
4 -230.7360351996 0.00016938
5 -230.7360352446 0.00005406
6 -230.7360352483 0.00001119
7 -230.7360352485 0.00000130
8 -230.7360352485 0.00000024
CONVERGED STATE 1 ENERGY= -230.7360352485 IN 8 ITERS
ALL STATES CONVERGED.
CI EIGENVECTORS WILL BE LABELED IN GROUP=C1
PRINTING CI COEFFICIENTS LARGER THAN 0.050000
STATE 1 ENERGY= -230.7360352485 S= 0.00 SZ= 0.00 SPACE SYM=A
ALPHA | BETA | COEFFICIENT
--------|--------|------------
111000 | 111000 | 0.9720686
101100 | 101100 | -0.1040727
110010 | 110010 | -0.1040573
110100 | 110100 | -0.0712754
101010 | 101010 | -0.0712717
111000 | 100110 | 0.0711535
100110 | 111000 | 0.0711535
110100 | 101010 | 0.0519747
101010 | 110100 | 0.0519747
..... DONE WITH DETERMINANT CI COMPUTATION .....
STEP CPU TIME = 0.08 TOTAL CPU TIME = 10.7 ( 0.2 MIN)
1 core向け入力ファイル(mcscftest1.zip)
2 core 以上の入力ファイルは$SYSTEMがMWORDS=1 MEMDDI=6 PARALL=.T.になっているだけ。
これはバグなんでしょうか？？
【自己解決】
入力ファイルと同名のスクラッチファイル(scratch内)が存在していたことに起因するようで、そこを空にしたら正常終了しました。
んが、FULLNRは並列計算で何でこんなに遅いんだ…4並列で、やっとMEMDDIなしの逐次計算と同じ時間とは…逐次計算でもMEMDDIを使うと激遅になるから、メモリ周りに原因がありそうだ。]]>
さすがにBanias 1.6 GHzに比べるとサクサク動きます。OSがXP(SP2)→Vista(SP1)に変わっても。まぁ、メモリはMaxまで積んでますし、速いのは当たり前ですが…
64bitWSとGAMESSで計算速度を比較しましたが、クロック比にほぼ比例(若干64bit機が速い?)という結果でした。HDDの環境が全然違いますんで(64bit機はRAID 0)、その辺で少しリードされる程度ではないかと。
気になるのは、Core TempとSpeedFan両方で、ひとつのコアだけ温度が高く表示されるというところ。他の３つのコアより10℃高く表示されます。グリスを塗りなおしたり、CPUクーラーの向きを変えてインストールしたりしても変化なし…もしやハズレ個体なのか。まぁ、通常使用に支障は全くないので(フルに計算に使っても70℃まで行かない)、気にしないことにします。でも気になる…
これで、動画エンコードをするわけでもないのに「無駄にQuadコア×2」の生活がスタートです。
追記＠14:43
kakaku.comに、Q9300の温度表示に関する似たような体験談が。
http://bbs.kakaku.com/bbs/05100011431/SortID=7739017/
やはり個体差があるのかな？正確なことはわかりませんが。QX9650はかなりまともな温度を表示しているように思いますが、あれも実はズレてたりして？
追記＠5/1 9:20
今回CPUクーラーとして選んだのはNinja miniだったのですが(同じケース&M/Bで取り付け例があったので)、プッシュピン型の固定ってちょっと怖いですね。マザーボードが反るし(汗 Noctuaのは取り付けに手数が若干かかるものの、バックプレートを使った安心仕様だったのですが…次買うときはプッシュピン型はできれば避けたい。。。]]>
バリバリ4コアでPC GAMESSを走らせております。時間の掛かる振動計算を実施中。しかも3.00GHz→3.66GHzにOC(333x11)しての運用です。FSBと電圧をいじらずに安定運用可能な限界がここら辺でした。長時間の計算を実施しないのであれば3.83GHzまでは問題なくいけます。x12の4.00GHzはOSが立ち上がらず(コア電圧を1.33Vまで昇圧すればいけます)。
CoreTempの値が…上のSSでは見えないですね。室温20℃でピーク58℃という感じです。真夏(室温30℃)にこれをやったら70℃行っちゃう…夏は定格ですね。]]>
