Terapadで元素記号と原子番号の変換
普段エディタとしてTerapadを愛用していますが、このTerapadの外部ツール「連続置換君」と「直・連続置換君」を使うと、元素記号を原子番号に置き換える操作がほぼ1クリックでできます。
何でそんなことをする必要があるかというと、一般的な情報化学プログラムの入力は元素記号で原子の種別を認識することが多いのですが、最近いじっているPrirodaは原子番号で認識しているので、モデリングソフトで用意した座標ファイルの元素記号部分を変換する必要があるのです。OpenBabelでできるかもしれんけど。
連続置換君の使用方法はこの辺の頭が春な感じの文章に詳しいですが、簡潔に書くと、
(1)ここからrrkn107.lzh(連続置換君)とdrk002.lzh(直・連続置換君)をダウンロードして解凍、適当なフォルダにまとめて入れる。
(2)Terapadを開き、ツール＞ツールの設定＞追加を選択し、名前は適当に、実行ファイルは(1)のフォルダのDrctRrkn.exeを選択し、コマンドラインパラメータは「-n -r -c (csvファイル)」。作業フォルダは空で、ファイルは上書き保存する設定に。
※(csvファイル)は各行が「元素記号,原子番号」になっているものを用意し、そのフルパスを指定。
これでツールメニューに適当につけた名前が出るので、変換したいファイルを開き、置換する部分をまとめて選択して(矩形選択する必要はない)ツールを実行すればOK。いやー簡単だ。