« 2009年04月 | メイン | 2009年06月 »
そもそもport:3016を始めた頃は、「Windowsでただで分子軌道計算」を標榜していたような気がするのだが…いつの間にか、こうなってました。
Tera TermとFFFTPでLinuxワークステーションにリモートアクセスして計算してます。
ある意味、やっと所謂"普通の"計算環境になったということでしょうか。ジョブの作成とかデータ整理は全てWindows機でやってます。
それにしても、画面が広いと端末・FTPクライアント・エクセルを同時に開いて不自由なく作業が出来る…
ORCA (ver 2.6 rev 35)の並列化をFedora上で行いました。
といっても、MPICH 1.2.7p1のインストールとrshの設定をして(実はrshの設定で四苦八苦し、それだけで半日悩んだのですが)、あとはORCAの並列化バイナリを展開して実行するだけ。
キーワード行に「PALn」(nはプロセス数で1～8の間)を入れるだけです。
↑こんな感じで、計算が並列化されたことが出力にも表示されます。
‘IGLO法のNMR計算が並列化されていて、大きな分子のNMR化学シフトの計算がかなり速いです。しかもメモリを食わない。以前の記憶ではORCAの計算速度はFireflyより遅くてGAMESS(US)よりは速いといったところでしたので、GAMESSでは計算できないDouble-hybrid DFTを含めて便利に使えそうです。
※ただし、このプログラムはアカデミックのみ利用可能(商用利用不可)のプログラムですので、企業の方は残念ながら…私は個人学習用途として登録していて、会社ではもちろん使っていません。
【22:00追記】
Tetramethylsilane(SiMe4)のGradient計算(RB2PLYP/6-311G(d,p))及びNMR計算(RHF/IGLO-II)の並列化効率
| プロセス数 | 1 | 2 | 3 | 4 | |
| Gradient B2PLYP | 時間(s) | 270.988 | 146.26 | 105.554 | 91.609 |
| 効率(%) | 100 | 92.6 | 85.6 | 74.0 | |
| NMR(IGLO) HF | 時間(s) | 189.806 | 95.7 | 66.708 | 56.126 |
| 効率(%) | 100 | 99.2 | 94.8 | 84.5 | |
MPICHはノード内通信効率が悪くてSMPだと並列化効率が上がらないような話がWeb上で見つかったりしますが…どうでしょうか。上記以外にもいくつかのケースを試してみましたが、3プロセスまではそこまで悪くないですが、4プロセスでの効率が悪いケースが多いような。もう少し時間のかかる計算で比較してみたいところですが。
やっとです。疲れた。連休？ゴールデンウィーク？何それおいしいの？
pc-chem.info
amazonのお薦めに乗ってみた。
▲梱包を正面から
▲設置後
今まで使っていたSONYのトリニトロンディスプレイ(1280x1024)に横線が入っていて、我慢して使ってきたところにamazonさんからお薦めが来て、kakaku.comでよそと比べて高くないことが分かった瞬間にぽちってました。
画質には十分満足できる。なにより、横幅が広がったんで、計算とかするときに複数のフォルダをばーって開いてもウィンドウのやりくりに困らない！作業効率が上がるね！
むしろPC本体がついていってないかも。メインPCはD-Sub15pin出力しかないし。そのせいか、すこし滲んだ感じに見える。ま、私にゃ気にならないですが。