近況とかいろいろ
今年に入って、Sn2反応の再評価をやってます。
単純な反応でも、計算で再現するのは大変だということが良く分かります。いろいろなモデル化学を試してみて、結局HF/6-31G(d)が一番再現しているのがまた…(MP2は活性化障壁を高く、DFTの多くは低く見積もってしまう)。
Hofmann転位についてもMOPACとGAMESSの両方で再計算中。来月の更新となる予定。
WinGAMESS 08(実際には2007.03 R6)がリリースされましたが、末永先生のD&DジョブポスティングBATファイル(お、何かかっこいいな)が同梱されました。pc-chem.infoでは古典的なやり方を書いてますが、これが同梱されたことで改訂が必要でしょう。もともとFacioには同梱されていて、私も使ってました。
このWinGAMESS 08ですが、私の環境ではいくつかのjobで並列計算がエラー終了します。具体的にはMP2絡みの計算で、MEMDDIが必要になる計算で起こっているよう。DDIに問題があるとしか考えられません(追記に出力例を書きました)。
今現在、重原子が70弱(total basis functions = 1185)という結構大きなMP2 single point計算をしてます。気が付いたらDASORTファイルが100GB到達目前！いや、そのHDD、150GBしか容量ないんですが…(汗 別に必須の計算でもないんで、止めて別の計算を流した方が今は効率がいいかも…
◆1/20 14:00に追記あり
典型的なオチ例(UMP2 Grad)↓
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DISTRIBUTED DATA UMP2 GRADIENT PROGRAM WRITTEN BY C. AIKENS
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DDI: Creating Array [0] - 5184x153=793152.
DDI Process 2: trapped a segmentation fault (SIGSEGV).
DDI Process 3: trapped a segmentation fault (SIGSEGV).
ddikick.x: application process 2 quit unexpectedly.
DDI: Creating Array [1] - 5184x272=1410048.
DDI Process 0: TCP Error in Recv.
TCP recv error: Unknown.
A fatal error occurred on DDI Process 0.
DDI Process 1: TCP Error in Recv.
TCP recv error: Unknown.
A fatal error occurred on DDI Process 1.
THIS CALCULATION IS RUNNING WITH MWORDS= 10, MEMDDI= 10, AND P= 2
MEMORY USAGE PER CPU IS 8*(MWORDS + MEMDDI/P)/1024 = 0.1 GBYTES.
MINIMAL REQUIREMENT FOR THIS RUN IS MWORDS= 1, MEMDDI= 5.
FOR P= 2, THE MEMORY USAGE PER CPU(CORE) WOULD BE 0.0 GBYTES.
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).
segmentation faultは常にProcess 2/3の両方で起こるとは限らず、どちらかだけの場合も。私にはさっぱりわかりません。
WinGAMESS 08になって、シングルスレッド性能は上がってます。SIMOMM(B3LYP/6-31G(d):MM3)では15%ぐらいの計算時間短縮もありました。あとはMP2関連さえ克服できれば…
◆追記(1/20 14:00)◆
ソースコードからcygwinでコンパイルしたところ、ちゃんとMP2もパラレルで走りました。compddiのところでSYSVを切ってなかったのが原因ではないかと推測。
BandeiraはgfortranとACML3.6使ったってMLで書いてましたが、こちらはg77で実施。やっぱりちょっと遅いけど、R3よりは速くなってます。ACMLの使い方、わっからん…