最近の話題３つ
話題1つ目。
本を2冊買いました。アドバンスソフト刊行の「フラグメント分子軌道法入門」と「タンパク質量子化学計算」です。生体高分子であるタンパク質の量子化学計算は膨大な計算資源(ハードウェア・時間)が要求されますが、二冊ともそれを現実的なタイムスケールに引き寄せる革新的なアルゴリズムに関する「超」入門書です。
GAMESSを使っている人間として、FMO法を正しく理解し、計算を実行できるようになることは重要だと思いますし、タンパク質を相手にしている人間として、タンパクの全電子計算を学ぶことは将来的役に立つとも思います。
2冊の本でそれぞれ紹介されている方法論は、それぞれABINIT MPやProtein DFとしてRSS21からプログラムがダウンロード可能です。興味のある方は是非。
話題2つ目。
MOPAC 2007のGRAPHF出力を可視化できる、フリーの分子モデルビューア「Jmol」のアイコンを作ってみました。Jmolのソースディストリビューション内にあった画像を基にしています。
ダウンロードはこちらから。
16,32,48,64,96,128px四方のマルチアイコン仕様です。
話題3つ目。
NVIDIAがHPC(High Performance Computing)向けGPU computing solution「Tesla」を発表しました。
ターゲットには分子力学も含まれ、プログラムによっては従来のCPU中心の計算よりも100倍の高速化が可能かも知れないらしいです。Tesla自体はPCIex16(x8も可?)スロットの拡張カードで、つまり普通のPC/AT機に追加できます。そして、Teslaに対応したプログラムを走らせれば…おぉ、今からかなりわくわくします。
まぁ、問題はその価格ですが…(きっと、別にワークステーション1台買った方が安いに違いない…)
タンパク質のフォールディング解析とかで威力を発揮するかもしれませんねぇ。FMOとか並列向けのアルゴリズムはTesla使えるのだろうか？
[追記]
Teslaの価格は、PCIexカード型のC870で18万ちょいぐらい。おっ、買えるか!?
Cで書かれたプログラムならCUDAのCコンパイラでGPU向けバイナリを生成できるみたい。GAMESSはFだからF2Cでいけるかな？効率はどうなんだろ。というか、そんな単純な話じゃないですね、はい(GPGPU向けにプログラム書き換えにゃならん)。