GAMESS/FMOに落とし穴あり。
連荘で化学ネタです。今度は計算の備忘録。
GAMESSにFMOが実装されていることは、計算をやっている人なら周知の事実ですが、WinGAMESSに収録されている入出力例(manualsフォルダ内のtests.pdf)のexam37はそのまま実行してもエラーが出ます。
まぁ、とりあえずFMOってどないやねん、とpdfファイルからコピペして実行すると、
**** THERE ARE ATOMS LESS THAN 0.100 APART, QUITTING... ****
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Sat Jun 16 22:13:30 2007
てな感じでエラー終了します。
で、出力ファイルをよく見ると、そもそもFMOのシークエンスに入ってません。つまり、$FMOが認識されていないことになります。
いろいろ試行錯誤した結果、$fmoの後に改行を入れることで解決。
[before]
$fmo nfrag=3 icharg(1)=0,0,0
frgnam(1)=frag01,frag02,frag03
indat(1)=1,1,1,
2,2,2,
3,3,3
$end
[after]
$fmo
nfrag=3 icharg(1)=0,0,0
frgnam(1)=frag01,frag02,frag03
indat(1)=1,1,1,
2,2,2,
3,3,3
$end
たったこれだけで解決です。
ちなみに安息香酸二量体とか小さい系では、並列化していなければ、フラグメントに分割するのとしないのでは後者の方が計算は速いですね。GAMESS(US)の並列化にはチャレンジしてないので、小さい系でも並列化の効果があるかはわかりません…