s2k's eye 2nd Ed.

計算をしている途中で突然CPU利用率が0になり、そのままになってしまいました。
おかしいと思って出力ファイルを開こうとすると、何とExplorerがびくとも動かなくなってしまい、再起動すらできない状態に。マザーボード付属のユーティリティは生きていて、CPU温度は正常(26℃)だったので、もしやHDDか？と思い、ひとまずリセットボタンで再起動。すると…
計算用のHDDが片方しか認識されません。中を開けてみると、SATAケーブルが抜けてました。なぜだ…
挿しなおして再起動。今度は計算用HDDが2台とも認識されません。で、RAID array utilityを見てみると(SATAは1台でもRAID構成で認識させます)、何とarrayが全てクリアされてました。一瞬呆然としたのですが、落ち着いてarrayを構築しなおしたところ、無事HDDが認識され、中身もそのままでした(ホッ

が、しかし今度は水冷ポンプから異音がします。非常に嫌な感じの音。何か詰まってるような。
ひとまずワークステーションはバックアップを取って停止。
うーん…どうしたものか…やっぱり、QX6700で組むべきという天啓なのか！？

投稿者: s2k 日時: 20:57 | パーマリンク | コメント (0)

随分前に、対称性を利用して計算を行う話をしました。対称性の高い分子は、点群を利用して計算を低コスト化することが可能です。
美しい対称性の一つに、Td(正四面体形)があります。メタンが代表例ですが、こういった分子をうまく計算するのがなかなか…
GAMESSのマニュアルの記述がわかりにくいので、備忘録的にここにメモしておきます。

苦戦したのは、1Hおよび13C-NMRの内部標準物質であるテトラメチルシラン(TMS)です。もちろん計算の目的はNMRの化学シフト計算の基準を求めるためです。しかし、対称性の最小構造をどうするかで、いろいろな計算の仕方があります。全部の原子を座標指定してC1で計算するのがデフォルトですし、HC-Si-CH3を指定してC3で計算することもできます。しかし、これらの方法では収束判定を厳しくしないと本来のTd対称な構造には収束しないでしょう。何としてもTdで計算したいのです。

メタンのTd対称を利用した計算では、C-Hだけを指定すればよいことになっています。ですので、TMSでもSi-CH3だけ指定すれば良いのかと思っていました。しかし、現実は厳しいもので、計算を行うとなぜか水素が2個余分にコピーされ、元からある2つの水素と重なってしまいエラー終了します。この2個の水素原子がなぜ余分に発生したのかが謎で、2時間ぐらい悩んでいました。そこで、オリジナル系(Si-CH3)から水素を1個ずつ削ってTd指定するとどういう座標発生をするか試してみたところ、Si-C-Hだけを指定すれば、自動的にTMSの構造を発生できるということがわかりました。
実は、これらのことは点群を理解していれば簡単に解決できたことだと思うのですが、手近に点群の本が無かったので(アトキンスはありますが、点群は少ししか載っていません…)、散々悩むことになってしまいました。でも、こうやって試行錯誤をするのが、最終的には理解への近道でもあると思っています。(まぁ、言い訳ですよね^^;;)

実際の入力は以下のような形です。
まず、適当な座標で粗い最適化計算(PM3)をして、精密計算用の初期座標を作りました。

[入出力ファイルのまとめ]

投稿者: s2k 日時: 23:36 | パーマリンク | コメント (4)

Rave-SLaveの特設ページで公開されてます。

Introductionのセンスはさすがですね。前作も良かった。アルバムにおける1曲目は、そのアルバムの印象を大きく左右しますよね。
何気に、#7にMORRIGAN氏のeternityが入っててすごく嬉しい…(MORRIGAN氏のサイト・Eternal Darknessで『life,mind,time/eternity』が公開されてますけど、イイっすよー♪)

投稿者: s2k 日時: 22:13 | パーマリンク | コメント (0)

以前にS-O相互作用(硫黄原子と酸素原子のattractiveな相互作用)の計算についていくつか書きました。

S-O相互作用の計算に必要なモデル化学とは。
続・S-O相互作用の計算に必要なモデル化学とは。
続々・S-O相互作用の計算に必要なモデル化学とは。

最近、会社でS-O相互作用の話が出たので、以前やりかけていた諸熊分割についてまとめてみました。

モデル系として、適当かどうかはわかりませんが、チアゾールとアセトアルデヒドの相互作用系を選びました。どうしても硫黄の隣にある水素原子が相互作用をしてしまうのは避けられないので、純粋にS-O相互作用は見れませんが、比較対象として水とアセトアルデヒドの相互作用系を持ってきて、両者に本質的な違いがあるのかを見れば、何か分かるかも知れません。

計算の入出力はこちら。
プログラムにはPC GAMESS 7.0.0を用い、構造最適化はPW91PW91/6-31G(d)で行い、諸熊分割はHF/6-311+G(d,p)で行いました。数値の単位はkcal/molです。

(a) Thiazole(TZ)-Acetaldehyde(AA) system
ES -4.90
EX +4.18
PL -1.75
CT -0.95
MIX +1.27
Total -2.14

(b) Water(WT)-Acetaldehyde(AA) system
ES -10.93
EX +10.07
PL -2.23
CT -2.38
MIX +1.43
Total -4.04

諸熊分割の各項についてはChem-Stationの「分子間にはどんな力が働いている？」という記事に簡単な紹介がありますので参考にしてください。
結果を見ると、S-O相互作用系(a)では水素結合系(b)に比べて相互作用におけるPL(分極)の寄与が大きいことが分かります。これは硫黄原子がソフトな(電子の束縛が緩い)性質を持っている＝分極し易いこととよく対応していると考えられます。一方、CT(電荷移動)の寄与は水素結合系に比べて小さくなっていて、これはよく言われるn→σ*軌道間相互作用が想像以上に弱いことを示唆しているのでしょうか(S-O相互作用系をNBO解析してもこれといった軌道間相互作用が検出できないという話を、実際に計算をされた方から聞いたことがあります)。

上記の結果から推定できることをまとめると、

(1)S-O相互作用の主成分はO-とS+の静電相互作用である
(2)その次に重要なのは分極による誘起的相互作用で、S-O相互作用の特徴と考えられる
(3)S-O相互作用は水素結合に比べると弱い相互作用である

ということぐらいでしょうか。PLの寄与が大きいというのは硫黄原子の特質とマッチしていて受け入れやすいですね。私はこの相互作用について、静電引力で2分子が引き寄せられ、お互いの軌道が接近することで軌道の形がより安定な形へ変化して平衡点に達するようなイメージを描きました。皆さんはどうでしょうか？

投稿者: s2k 日時: 00:46 | パーマリンク | コメント (0)

昨日、PC GAMESSの新しいテスト版7.0.4が登録ユーザー向けにリリースされました。7.0.3から組み込まれた並列化PCMとO汎関数に興味があるところで、まずはPCM計算の並列化について早速簡単なテストをしてみました。

計算内容は、フルフラール(フラン-2-カルボアルデヒド)のs-trans配座をPCM法(THF中)を用いて計算するもので、HF/6-31G(d)による構造最適化とB3LYP1/6-31G(d)によるシングルポイント。

どちらの計算にも、入力座標にはMOPAC2007(PM6)で最適化した構造を用いました。結果は以下の通り。(計算時間値はWall Clock Time)

a. Geometry Optimization (RHF/6-31G(d))
v.7.0.0
sequential : 899.1 sec (Nstep=23)
v.7.0.4
sequential : 899.7 sec (Nstep=23) [0.999倍 vs 7.0.0 sequential]
parallel : 459.7 sec (Nstep=22) [1.957倍 vs 7.0.4 sequential (Nstep補正:1.872倍)]

v.7.0.0(sequentialのみ可能)との比較では今回のテスト版v.7.0.4の方がごくわずかに遅いですが、これは背後のタスクが多少関係する(プロセスを優先度低にして実行しているため)ので、誤差範囲に十分収まる差でしょう。同じv.7.0.4でsequentialとparallelを比較すると、非常に効率よく並列化されていることが分かります(単純比較で約2倍速い)。しかし、出力を見るとparallelの方が1ステップ少ないので(しかし最適化された構造は同一)、各ステップが等しく時間がかかるとした仮の補正で1.87倍となります。それでも十分高速化されていますね。

この計算では、計算で使う座標系の選択で最適化効率が非常に異なることも同時にわかりました。上記テストでは$DATAをMOPAC z-matrixで入力し、NZVAR=0として直交座標による計算にしています。これとは別に、同じ構造で直交座標に変換したものを$DATAに入力し、COORD=UNIQUEとした上で (1)NZVAR=0として直交座標のまま計算 (2)NZVAR=27,$ZMATグループでDLC=.T. AUTO=.T.として内部座標を生成して計算 の二通りを実行してみました(入出力ファイルはこちら)。

v.7.0.4 parallel
XYZ : 457.0 sec, -214209.84 kcal/mol (Nstep=21)
DLC : 148.1 sec, -214209.90 kcal/mol (Nstep=6) [3.086倍 vs XYZ]

ということで、DLC(非局在化座標)を利用した方が3倍以上高速且つよく収束している(最適化構造の溶媒和自由エネルギーを比較すると、DLCの方が0.06 kcal/mol低い)という結果に。どんな座標系を使うかは、構造最適化において特に重要であることを再認識させられます。
ちなみに、入力にMOPAC z-matrixを用いてNZVAR=27とすると、私のz-matrix構成が悪かったせいか2ステップ目でGradientが発散して計算が停止してしまいました(C-C結合の一つが異常接近していました)。

もう一つの計算、シングルポイントの結果は以下の通りです。

b. Single Point (RB3LYP1/6-31G(d))
v.7.0.0
sequential : 57.1 sec
v.7.0.4
sequential : 58.1 sec [0.98倍 vs 7.0.0 sequential]
parallel : 31.8 sec [1.83倍 vs 7.0.4 sequential]

より差がはっきりするのがSP計算ですが、こちらはsequentialでテスト版v.7.0.4がv.7.0.0に比べて1秒遅い結果になっています(もしかしたら並列化対応にしたことでsequentialのパフォーマンスが微妙に落ちたのかも？でも誤差範囲かも？)。parallelでは1.83倍の高速化で、構造最適化のNstep補正値と近い値です。概ね1.8～1.9倍ということでしょう。優秀な並列化効率で、4並列での効率も知りたいところです。

投稿者: s2k 日時: 17:41 | パーマリンク | コメント (0)

４軒目のうなぎ屋さんは、中浦和の「別所うなぎ」。ここの夜のお得サービス『びっくりうな重』(税込2,079円，限定10食)を食べに行きました。

わざわざ開店20分前に行き、別所沼の周辺をうろうろしながら開店を待ち1番乗りで店内へ。1階は入り口だけで、お店は階段を上って2階(珍しいですね)。12畳ほどの座敷にテーブル6つ。窓から別所沼に傾く夕陽を眺めつつの食事です。

↑びっくりうな重。おぉ、小ぶりのうなぎが約2匹分…

写真の通り、ちょっと大きめのお重に小さめの蒲焼が2匹分。肝吸いとお新香、フルーツがセットです。実はお重が浅くてご飯の量はさほどありませんので、女性でも十分平らげられます。事実、僕にはちょっと足りない(腹6分～7分)ぐらい。味付けはあっさり且つ微かに辛め、いくらでも食べられます。うなぎ自体はやや肉薄で、柔らかいんですがボリューム感に欠けます(だから量が物足りないのかも)。うなぎがあまり温かくない気がしたのですが、注文してから出てくるまでが早い(10分)ので、先に焼いてあるのではないかと思います。いちのやとかうな仁では30分以上待ちますからね…。肝吸いは非常に美味しかったです。

結論：びっくりうな重セットは、価格が適正で満足できます(2000円で小2匹分なら)。もうちょっといいうなぎを使ってくれたらいいんですが…比較的安い部類だと思いますので、そこは妥協点かも。値段の分の価値はあります。ロケーションと店内の雰囲気は上々です。

投稿者: s2k 日時: 18:17 | パーマリンク | コメント (0)

この年(四捨五入して30)にして、初めてスキーに行きました。
大学時代にも行くチャンスが無いわけではなかったですが、基本的にはバイトを優先していました(穴を空けにくかったという事情もあって)。就職して多少お金はできたので、あとは時間さえあれば行けるという状態で、大学時代の友人からお誘いが。ちょうど3連休ということで、1日スキーで2日休暇(筋肉痛の回復)に充てれば翌週の仕事に響かないだろうという『社会人的配慮』の下に参加を決定しました。

しかし、ガーラって近いですね。大宮から新幹線で1時間弱。日帰りでも余裕で楽しめます。朝6:46の列車で行き、9時前から4時過ぎまで滑りまくって、17:24の列車で帰り。

最初は初心者向けコース「メロディ」でボーゲンをマスターすべくゆっくり滑る…というか転がり落ちました。転倒しまくりです。そもそも「ハの字」を維持できないので、股裂きになったり、とまれなくて雪壁に突っ込んだり…(実は雪の量が少なかったので危なかったりして)。コース終盤になって、ちょっとだけコツが掴めたところで2回目へ。
2回目も転倒を繰り返すのですが、1回目と違って「意味のある」転倒が増えました。つまり、わけもわからず転ぶのではなくて、なぜ転んだかが理解できるようになってきます。
3回目は3，4回の転倒でクリアできるようになり、4回目はほぼ転倒なし(他の滑走者が急接近して緊急回避でコケたのが1回)で滑れるようになりました。ボーゲンでスピードのコントロールができるようになると、結構自由に滑れるようになります(ボーゲンがスキー技術の基礎にして奥義と言われる所以でしょうか)。ここで、友人に唆されてちょっと急なコース「ジジ(中級者コース)」へ。リフトから見ると緩斜面なのですが、実際に上からみると急斜面。未熟なボーゲンではコントロールがままならず、転倒連発。またしても転がり落ちるように下りました。周囲からは「初心者がなんでこんなところに居んだよ…」的な視線を浴び、そそくさとメロディーコースに戻りました。
午後も前半はメロディーコースでひたすら蛇行と速度制御の練習。もうほとんど緩斜面では転倒しなくなり、休憩を挟んで距離の長い初心者向けコース「エーデルワイス」へ。ある程度滑れるようになると、このまとまった距離を滑るのが楽しい！(メロディーはすぐに滑り終わってしまうのでつまらなくなる)
しかし徐々に体力の限界が迫り、ブレーキが利かなくなってきたので、ちょっと早い時間で上がりました。(最後のほうはちょっとやばかった…)

本当は、一日だけで滑れるようになるとは思っていなかったので、楽しみといいつつも不安のほうが大きかったんですが…実際にやってみると、2，3回転がればそれなりに(超低速で)滑れるようになったので、以降は楽しくてしょうがない状態に。また行きたいですねー…時間と体力が許せば。まぁ、体力のほうは最初だったから異常に消費したということもあるので、次はもっと楽に滑れるはず。あとは雪質がもっと軽いと楽(この日の雪は結構きつい：友人談)だそうなので、今度は北海道にも行ってみたいです。

投稿者: s2k 日時: 09:14 | パーマリンク | コメント (0)

手に入ってからすぐには聴く時間が無くてなかなか書けませんでしたが、まずは『AFTER IMAGE』のファーストインプレッションから。

例によって、このCDの基となる作品「Notes.」(奈須きのこ著)は読んだことがありません(「月姫読本」に収録されているそうですが、それを持ってませんしもう売ってもいないんじゃ…「月姫読本Plus Period」は売ってますが、そちらにNotes.は収録されていません)。
よって、背景にある世界観自体はまったく知らない状態で聴いている、ということを理解された上で読んで頂きたく。

0 / 雲の彼方、一瞬の邂逅
　地上を遥か上空から眺めているような、もしくは地上から遥か上空を眺めているかのような情景をイメージさせるイントロダクション。淡色の光と鈍色(にびいろ)の影が落ちる終末の世界が頭に描かれていきます。最後に銃声のような衝撃音が。

1 / 鋼の大地、昏い空、終わらない世界
　並木さんのギター最高です(今更ながら、エレキギターの音が好きな自分に気がついた…Cranky氏のT&Jも大好き)。暗闇に埋もれ、もがきながら生きる、生き汚いヒトの性(さが)を纏った曲か…。薬莢の落ちる音(?)が印象的。

Image II / 世界の片隅で――私にできること
　霜月はるかさんのハミング、これが逆に自分の中で「にせもの」のイメージを形作っていきます。多分、原作とは違ったイメージかもしれませんが、それはそれでいいんじゃないかと。彼女の声は、退廃した世界観の中で異質な生と死を感じさせます。良いキャスティングですね。

4 / 雲の彼方、辿りついた一つの答え
　飛行機の計器音が断続的に響くコックピット内。雲海を眼下に眺め、自分の残り少ない時間を横目に見ながら、穏やかに自身の存在意義を振り返る…。自然と涙が出てくるような切ない曲です。

After Image / 世界の片隅で――この世界に届けたいもの
　Track:Image IIの天使語版、と言って片付けてはいけません。自分を必要としてくれたヒトへの、一握りの述懐と感謝を込めた葬送曲。自分はそう位置付けました。この時、にせものにとっての世界はあの人だったと。

Side Material / 魔剣・斬撃皇帝
　混声合唱が入った曲は初めてでしたが、重厚感は他に代えがたいものがあります。中世の雰囲気を醸す中ドンと来る合唱の音量は、荘厳且つ凶暴な感触を残します。

Anothers
　打ち込みギターでの別バージョン。Morrigan先生の打ち込みも好きだー(死　

総評：AVALON以来の傑作CDに入ると思います。個人的には原作を知る前のAVALONより評価が上。AVALONは原作を知ってより評価が上がったので、Notes.も何とかして読みたいですね。ブックレットでも十分イメージは湧きますが。
ちなみに、ブックレットやCDの「AFTER IMAGE」という字の後ろにある紋章、どう見てもボーア模型なんですが…そこんとこどうなの杉壱さん。

投稿者: s2k 日時: 21:55 | パーマリンク | コメント (0)

本日予約開始で、2/28より順次発送。

え、僕？当然予約しましたよ？

投稿者: s2k 日時: 22:33 | パーマリンク | コメント (0)

新年明けてからしばらく仕事量の多くない日が続きましたが、今月から来月にかけてぐっと仕事量が増えてきそうです(期末ですし)。
昨日，今日と二日連続で9時過ぎの帰宅で、一日の実働時間が11時間を超えてます。ここまで極端な日はそう多くはありませんが、これからコンスタントに一日9～10時間は逝きそうです。ラテックスしてても手が荒れる…色んなものを経皮投与しているような気が。

本当に逝かないように気をつけなくては…

最近、mixiによく顔を出すようにしてます。
意外な知り合いに遭遇したりするのは密かな楽しみ。。。
ちなみに、mixi上の私のページの写真は、愛用のHappy Hacking Keyboard(HHKB) Professional (無刻印・絶版品)を怪しげなライトアップで撮影してみました。

投稿者: s2k 日時: 21:47 | パーマリンク | コメント (0)