TINKERのprotein/nucleicで…
新年早々、プログラムネタ(?)です。
FacioからTINKERを利用できますが、FFEパッケージをインストールした場合と、コマンドライン実行ファイルを単体でダウンロードした場合のどちらの実行ファイルを用いても、protein.exeとnucleic.exeからペプチドや核酸を生成することができません。前はできたような気がするんですが…
(ちなみにTINKERはver.4.2(2004.06), Facioはver.10.6.2)
それぞれの実行ファイルをFacioとは関係なく立ち上げてみても、パラメータ等の入力は正常に行うことができ、DOS窓が閉じられた後に生成しているxyzファイルを開いてみると、タイトル以外は空。
もしかして、何か足りない？
で、いろいろやっているうちに、Facioのペプチド鎖生成ダイアログ内のパラメータファイル名のところを、mm3.prm(私がデフォルトで使っていて、Preferences→External Programsで指定)からamber99.prmに書き換えても、実際には反映されていないことを見つけました。
Facioが生成する.keyファイルのmm3.prmをamber99.prmに書き換えてbatファイルを実行すると、無事ペプチド鎖が生成されました。
----追記(07/01/08)----
Facioの仕様では、[Preferences＞External Programs]によるTINKER paramsの指定は[Tools＞Polypeptide/Polynucleotide Builder]のみに使われるもので、[Calculations＞TINKER-MM3]では自動的にmm3.prmが利用されるようになっています。
上記記述は、私がまだFacioの仕様をよく理解していなかったことに因ります。
将来的に、TINKERがMM4やUFFを取り込んだ場合、それに対する対応はどうするのでしょうか。楽しみです。
(UFFが標準になると嬉しいですね。今のところUFFで計算できるのはGaussianだけ？しかし原子種の指定番号は力場によってまちまちなので、それをどうするかはなかなか難題ですね。Moldaのようにユーザが一原子ずつ指定するのは結構理にかなっていると思いますが、原子数が多いと時間がかかる…)