White Avalon & After Imageが届きました。
WAVEの新作2枚が、やっと我が家にやってきました。
とらのあなで先行予約したので、ポスターが二枚(おそらく貼る用と保存用)ついてきました。普通にきれいなポスターなので、貼ってもいいかも…
アルバムのファーストインプレッションは、後ほど。
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2007年01月28日
大阪・新世界探訪
昨日までの2日間、所用で大阪へ行っていました。
時間があったので、ついでに新世界・日本橋(にっぽんばし)へ足を伸ばして散策を。
(大阪で勤めている研究室時代の先輩＆同期に案内してもらいました)
AM11:00, JR新今宮駅東口からスタート。
ひとまずジャンジャン横丁(本当に、碁会所と雀荘と串カツ屋しかない)で串カツを食べて、全国で唯一のスマートボール専門ゲームセンターへ。
▲懐かしのスマートボール。これがハマる…
最初は単発で撃っていて、なかなか入らないので「こんなもんかなぁ」と思っていたのですが、先輩から玉を分けてもらって、バシバシ連続で撃つとこれが…入る入る出る出る…100円でエンドレスにゲームできる状態に。スーツ姿でギャアギャア騒ぎながらスマートボールに明け暮れるのもどうかと思ったので、50個出したところできのこの山に換えてもらって店を後にしました。
次に、通天閣へ。「凱旋門の上にエッフェル塔を建てた」という大阪らしさ全開の意匠です。2階フロアには謎の鏡(太って見える鏡・痩せて見える鏡)や手品用品など脈絡が全く不明の物体が並び、ジャンジャン横丁で似非関西人化した筆者の度肝を抜きました。
▲(左)通天閣(天に通ずる塔) (右)ビリケン様。とりあえず足裏を…
通天閣5階展望室からの眺めは、ちょっと霞んでいて遠くははっきり見えない感じ。どこかに大阪城天守閣があるはずと思って探していると…お、あった！でも小さすぎてわかりにくい！
▲さて、この写真のどこに大阪城が写っているでしょう？？
昔は、大阪城の天守閣が大阪で一番高い建物だったはずですが、当時の人は今の大阪の街を見てどう思うのでしょうか。
通天閣を後にして、今度は街の東側へ。怪しい映画館を横目に二店目の串カツ屋へ。ここで本格的にがっつり食べて(ジャガイモとか玉ねぎとかが旨い！)、日本橋へ。
並んでる店はぶっちゃけ秋葉原と同質(それはそうだ)。でも、何か楽しいんですよね、こういう街。ガチャポンフィギュア専門店とか、防犯グッズ専門店とか、照明専門店とか、とにかく店の趣味が前面に押し出された店が軒を連ね、商品について訊くと嬉々として説明してくれます。
そんなこんなで、午後の3時ぐらいにお開き。新大阪15:30発ののぞみで帰京。
やっぱ、関東のそっけない雰囲気が落ち着く自分は心底関東人なのだと思いました。。。
2007年01月21日
実験ノート電子化考
研究における実験ノートは最も大切な財産であり、資料であることは言うまでもありません。しかし、その量が膨大になったとき、データの活用は必ずしも容易ではありません。
以前に誰かが同じ実験をしていたとしても、それを紙ベースの記録から探し出すのは大変な作業です。そうこうしているうちに、実は同じ失敗実験を何人もの人が繰り返している…なんてことも実際にはあるようです。
もし全てのデータが電子化できれば、容易に検索が可能になりますのでそういった失敗は格段に減らすこともできますし、業務効率も上がるでしょう。
実験ノートの電子化には、市販のアプリケーション(例えばCambridge Soft社のE-Notebook)を用いるのが最も手っ取り早いですが、導入には結構なお金が掛かります(商用で$710/人，実際には大量導入で割り引かれるでしょうが…)。
ここに、一つの論文があります。
轟 眞市, 小西 智也, 井上 悟：``ブログを基にした実験ノート: 個人の研究活動を効率化する情報環境'', Appl. Surface Sci., 252, 7, pp. 2640-2645 (2006).
ブログのシステムを活用した実験記録環境は、非常に良いアイデアだと思うのです。
システム立ち上げ必要なものは、サーバ一台とOS(何でも)，アプリケーション(Webサーバ/Perl/MySQLなど)。あとは個人PCからブラウザでアクセスすることになります。コストは格段に安く済みます。
問題のシステムの内容ですが、ある程度実験内容に特化したインターフェースが必要になります(化学構造式描画エリアや、試薬当量比計算テーブルなど)。データがFixしたらハードコピーを取って改変不可にする仕組みも必要ですね。第三者による電子承認システムも必要です。これらは決して実現不可能ではないでしょう。
ブログシステムの重要な利点に、トラックバックシステムがあります。ある実験が別の実験を参考にしていたり、また多くの実験はそれ単独ではなく連続したステップの一つになっています。それらを有機的に相互リンクで結びつけるのに、トラックバックは最適です。
問題は、電子ノートは今のところ「特許における証拠」としての地位を確立していないという点です。これはいずれ解消されるかもしれませんが、電子データの堅牢化と改竄テクニックは常にイタチゴッコですから、頭が痛いところです。アイデアとしては、ハードコピーを編集ロックされたPDFファイルとして出力して保管し、それと同内容のHTMLをデータベースに残す(こちらも一応編集ロックは掛ける)のが一案でしょうか。
第三者による承認も難しいですね。電子署名？ってどうなんでしょう？？
いろいろ問題はあるものの、Web 2.0を活用する面白いシステムであることは間違いないでしょう。
フリーのブログシステムを改造して、それらしいものを組んでみようと思案中です(出来上がるのは当分先でしょうが…)
2007年01月15日
PC GAMESSってやっぱ速いのね。
PC GAMESSのオフィシャルページで、WinGAMESSと共通のinputを使ったベンチマークテストが公開されてました。
ハードウェアが二昔前ですが…
ちなみに、僕がやった短時間のベンチマークの結果はこちら。
こうやってみると、PC GAMESSは多くのケースで一桁速いことがわかります。実際の構造最適化計算では逐次処理で1.5倍～2倍，二並列処理で3倍～4倍速いです(計算環境：Athlon X2 4400+(2.2GHz), 1GB RAM(DDR400), 160GB HDD(SATA150, 7200rpm))。特殊な計算以外は、PC GAMESSで行うほうが時間は節約できますね。最も、GAMESSをLinux上でコンパイル，並列化するとそれなりに速いようですので、一度それもやっておきたいところです。
2007年01月13日
長い一週間でした。。。
長い長い、一週間。仕事は4日間でしたが、もし5日あったら持たないかも。
体は完全に正月モードのままで、しかも仕事の半分は非実験。逆に実験やってた方が体が動かせていいのに…
未だに朝起きるのが遅くなりがちで、会社に行くのに体が重いこと重いこと。
あと、また目が悪くなったような気がします。坂を転がり落ちるように視力が落ちていく感じ…今までは徐々に悪くなっていっていたので変化に気づかなかったのですが、この2ヶ月の変化は実感できるもので、明らかに視力が落ちています。う～ん、一度落ちると戻すの難しいので、何とか踏みとどまりたいのですが…こうやってPCのディスプレイに向かい続ける限り不可能かも？
2007年01月11日
UFFを使えるフリーソフト・ArgusLab
TINKERでUFFが使えればいいのに…とずっと考えているのですが、UFFを使って遷移金属錯体の構造最適化を行うことができるフリーソフトがありました。ArgusLabです(↓スクリーンショット)。
以前から名前は知っていましたが、トップページに「A molecular modeling, graphics, and drug design program」と書かれていて、実際ドッキングとかができるのでそういう方向性のプログラムだと思っていました。ところが、今日会社でUFFのことを調べていたら(おいおい)、Scirusの検索でArgusLabのヘルプファイルの内容がヒットして、そこにUFFが使えると書かれていてビックリ。
UFFは分子力学ですから、それぞれの元素には軌道の混成に応じたパラメータがあります。用意されているのは典型的なもので、特殊な錯体は扱うことができませんが、よくある構造は概ね良い精度で最適化できるようです。
ちょっとしたバグがあって、周期表パレットからPdを選択して追加しようとすると、エラーを吐いて落ちます。予め別の金属(NiとかRhとか)で作って、元素を後から変えることでPdの計算はできます。原子のラベルが最初の金属のままなので(計算上は支障はありませんが)ついでに原子の名前をPdに変えておく方がよいかも知れません。
Cyclopentadienyl基は、Cを「sp2, aromatic」とし、金属原子と5つの炭素全てを結合で結んでやることできちんと計算されます。
計算は、ツールバーのベンゼン環ボタン(プサイの隣)か[Calculation＞Optimize Geometry]で設定ダイアログを表示、実行します(↓)。普通の有機分子ならMOPACも使えます。
これで初期構造を作れば、計算がよりスピーディーに行えるかもしれません。ちなみに、Gaussianへのジョブポスティング機能がありますので(しかもONIOM対応)、GaussViewを持っていない方にもおすすめかも。残念ながらGAMESSは非対応。
----追記----
最適化した構造を他のソフト(WinmostarとかFacioとか)で使うときは、xyz形式での保存をお勧めします。pdb形式は元素記号が正しく反映されません。
2007年01月08日
WAVEの新作予約開始
WAVEの新作「After Image」と「White Avalon」の委託販売予約が始まりました。何かポスターが付くらしいです(でもうちには貼れない…)。
それはそうと、新年の目標一つ変更します。体脂肪率はすでに18%切ってました。なんで、目標値を12～3%に置こうと思います。何はともあれ、こまめに運動を続けることと、ストレスに曝されることで達成はできるんじゃぁないでしょうか。何しろ昨年一年間で74kg→66kg(8kg減)を達成してますんで。早く研究室に入る以前の自分に戻りたい…
(↓追記は計算ネタです)
※追記
EFPのコンテンツはちょっと先送り。やっぱり水でしか最適化が行えないのはモチベーション(最近この言葉よくテレビとかで聞くね)が下がりますね…I/O処理はマスターしているので書こうと思えばいつでも書けますが…
それと、FMOについても基本的なI/Oは大体把握しました。こちらは本家GAMESS限定なので、Linuxとかで並列環境整えないとやる意味がない(1フラグメントより2フラグメントの方が計算遅い＠1CPU)ので、どうしたものか…
ん？これって、もう一台Linux用にPC組めという天のお告げか…！？組むならASUSのStriker Extreme(nForce 680i)とCore 2 Quadの組み合わせかなぁ。仮性じゃない真性Quad待ちかなぁ。Linuxしばらく触ってないんですが、コマンドとか大丈夫だろうか…(DOSコマンド使っているうちに、いつのまにかlsと打ち間違っていたのがdirに直ってるし…)
それ以前に組むお金と置き場所と電源がない。
2007年01月06日
だらだらと正月休み中。
題記の通り、だ～らだ～らと過ごしております。今朝起きたのは11:00。昼ですよ、もう。
寝疲れました。あぁ、ダメ人間。(2007年、こんなスタートです…)
残念ながら、年末にWAVEの新作を買いに行くことはできませんでした。忘年会のせいで。委託が1月末ということで、予約でもしてまったりと待つことにします。そういえば、cranky & morrigan 両氏のコラボアルバムFGIIIも1月なので、今月はCDを聴き倒すことになりそう。かく言う今も、Ryzme 4Uをランダムで聴いてます。いぃねぇ…ただ今Agitatoが流れてます…
pc-chem.infoのコンテンツとして、EFPネタを今夜遅くあたりに公開できそう。早くEFP2で構造最適化ができるようになってほしい…タンパク質の部分構造との低分子の相互作用モデルなんぞを計算しやすそうですし。
2007年01月03日
2006年のアクセス解析。
さて、昨年のアクセス解析をしてみました。
総Visit数は約37万件。月平均3万1千件ほど。10月にはひと月としては過去最高の8万7千件を記録しました。
昨年一年で大きく変わったのは海外からのアクセスが増えたことで、まだ全体の3%ほどだとは思いますが、国際化してきた？とも取れますが…実際のところはコメントスパムとかも多いので、ほとんどはその辺に引きずられているのだと思われます(Googleでもうちのサイトを海外からリンクしているようなものは見受けられないですので)。
検索文字列は相変わらず「GAMESS」が断トツトップ。MOPACとかが減ってきて、時代はいよいよab initio全盛でしょうか。リファラはダイレクト(ブックマーク等)がトップで、他はGoogle検索，Winmostarのサイトから，Yahoo!検索，Moldaのサイトから…といったところ。
なんと、新年早々から一日辺り1000Visitsありまして、ありがたいことです。
新年休み中にいくつかコンテンツをuploadしますが、今後も継続できるよう、精進してまいります。
2007年01月01日
TINKERのprotein/nucleicで…
新年早々、プログラムネタ(?)です。
FacioからTINKERを利用できますが、FFEパッケージをインストールした場合と、コマンドライン実行ファイルを単体でダウンロードした場合のどちらの実行ファイルを用いても、protein.exeとnucleic.exeからペプチドや核酸を生成することができません。前はできたような気がするんですが…
(ちなみにTINKERはver.4.2(2004.06), Facioはver.10.6.2)
それぞれの実行ファイルをFacioとは関係なく立ち上げてみても、パラメータ等の入力は正常に行うことができ、DOS窓が閉じられた後に生成しているxyzファイルを開いてみると、タイトル以外は空。
もしかして、何か足りない？
で、いろいろやっているうちに、Facioのペプチド鎖生成ダイアログ内のパラメータファイル名のところを、mm3.prm(私がデフォルトで使っていて、Preferences→External Programsで指定)からamber99.prmに書き換えても、実際には反映されていないことを見つけました。
Facioが生成する.keyファイルのmm3.prmをamber99.prmに書き換えてbatファイルを実行すると、無事ペプチド鎖が生成されました。
----追記(07/01/08)----
Facioの仕様では、[Preferences＞External Programs]によるTINKER paramsの指定は[Tools＞Polypeptide/Polynucleotide Builder]のみに使われるもので、[Calculations＞TINKER-MM3]では自動的にmm3.prmが利用されるようになっています。
上記記述は、私がまだFacioの仕様をよく理解していなかったことに因ります。
将来的に、TINKERがMM4やUFFを取り込んだ場合、それに対する対応はどうするのでしょうか。楽しみです。
(UFFが標準になると嬉しいですね。今のところUFFで計算できるのはGaussianだけ？しかし原子種の指定番号は力場によってまちまちなので、それをどうするかはなかなか難題ですね。Moldaのようにユーザが一原子ずつ指定するのは結構理にかなっていると思いますが、原子数が多いと時間がかかる…)
明けましておめでとうございます。
2007年。
今年もよろしくお願いいたします。
今年の目標
(1) いい加減、新しい服を買う(非ユニクロ)
(2) 自分の部屋にもエアコンを導入する
(3) ワークステーションの騒音を25dB以下に抑える
(4) 有給休暇を半分ぐらい残す
(5) 体脂肪率を18%ぐらいまで抑える
さて、この中のいくつが達成できるでしょうか。