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前々から公言していましたが、Facioの記事の準備を始めました。Gaussian, UTChem以外の環境は自前で整えられますので、自分でできる範囲の内容で取りまとめる予定です。実はWinmostarも大分メニューの内容とかが変わっていて更新しなくてはならないのですが、それはFacioの記事の後になる予定です。
▲現在の最新バージョン10.6.1。同梱のGrubbs Cat. 2Gを表示してます。
公開は12月最終週を予定しています。現在の最新バージョン10.6.1で書く予定ですので、重大なバグが無い限り、12月中に新バージョンが公開されても記事にはすぐに反映させないつもりです。いやぁ、Facioといい、Winmostarといい、フリー計算環境はここ5年ほどで劇的に進化しましたねぇ…
ついにグルメ(Gourmet)というカテゴリーを作ってしまった。。。
おいしいらしいと評判のうなぎ屋さんにまた行ってきました。旧中仙道・蕨宿にある「今井」というお店です。元は茶店からスタートして、ある時うなぎを出したら評判になって、あれよあれよという間にうなぎ専業になったという謂れのある店で、店内は古めかしい、いい雰囲気です。一階は2人掛けの座敷が5席ほど。
メニューはうな重1800円、うな重上2400円、うな重特3400円。当然「特」を注文します。ちなみにこの日のうなぎは宮崎産でした。
ここのうなぎは「うな仁」や「いちのや」と違い、甘めの味付けです。ただし濃くは無く、あっさりとした絶妙の味加減。僕にはこの味付けの方が合いますね。「特」は並重＋蒲焼一串という感じで、うなぎを存分に味わいたい人向け。うな重としてのバランスとコストパフォーマンスなら「上」が一番でしょう。
気になったのは皮がちょっと硬めなことですが、これは仕入れたモノにもある程度左右されそう。それと、皮に手ごたえがあるといっても、中国産のゴムみたいなのとは雲泥の差です。
また行きたいと思う、そんなうなぎでした。ごちそうさま。
先日、GAMESSでのEFP読み込みが変という話を書きましたが、単純にマニュアルの読み込みが甘いだけという結果でした(恥ずかしい)。
前回の記事でIRON28さんに貴重な助言を頂きまして、それを参考に考えていたところ、「$EFRAG内のEFP座標指定は、最初の3行だけあればよいのではないか？」と思いつき、
$EFRAG
COORD=CART
FRAGNAME=MEOHEF
H1 0.041076 0.427531 -0.166429
O2 -0.892956 0.548707 -0.075101
C3 -1.464756 -0.615528 0.450662
$END
で実行してみたところ、あっさり計算できました。つまり、最初から3行だけしか必要ないのですから、プログラムが3行しか読まないのは道理です。そこまで来てから、「あれ、マニュアルに書いてあったっけ？」と思って読み返すと、2-140($EFRAGの最後のページ)に、
Line -3- must be given a total of three times to define this fragment's position.
書いてあるやんかーΣ(゜Д゜；
今回は美瑛～網走。
9/17(sun) 18:20に美瑛駅に到着。すでにかなり暗くなっていました。宿に電話をかけたところ、迎えに行くまで20～30分ぐらいかかりそうとのことだったので、タクシーで向かうことに。
泊まったのは「星の庵」。家族連れから一人旅まで、どんな人でも気兼ねなく泊まれる良い宿です。
宿に到着したら、荷物を置いてまず一っ風呂。私は4人の相部屋だったので、夕食の準備が整うまで一緒に泊まる方と雑談。十勝岳への登山目的だそうで、美瑛は登山基地としても結構有名だそう(僕は知らなかった…)。
夕食は名物じゃがいものコロッケやグラタン、なぜか新鮮な秋刀魚の刺身と、甘いミニトマトのサラダなどなど。他の宿泊客の方との雑談が楽しかった余り、すっかり写真を撮るのを忘れる始末。
食後、常連さんに連れられて「白銀荘」の露天風呂へ。少し星が見えたので、明日は何とか天気が持つかもしれないと期待していましたが…
▲宿泊した星の庵。9/18早朝に撮影。絵になる建物ですよね。
翌朝は残念ながら曇り。朝の5時に起床し、周辺を時間をかけて散歩。典型的な美瑛の丘の風景を堪能すること2時間。お腹が減ってきたところで宿へ戻りました。
▲(左)らしい佇まいの木にかかる朝日 (右)有名なマイルドセブンの丘
▲(左)マイルドセブンの丘のちょっと先にある並木 (右)小高い場所からパッチワークの丘を一望
朝食後、宿で一緒になったS君と一緒に旭川に出ました。ここでなんと偶然にもSLの運転に遭遇！おおー初めて見たよー！
▲SLふらの・びえい号。汽笛がすごい大きな音でびっくり(駅員さんが耳を塞いでた)
旭川でS君と別れ、オホーツク3号で一路網走へ。グリーン車で駅弁を頬張りながらの優雅な旅路です。網走までは4時間弱。ただ車窓を眺めているだけではちょっと手持ち無沙汰な状態で、W-ZERO3[es]をmp3プレイヤー代わりにしてcranky氏のアルバムなんぞを聴きながら穏やかに過ごしました。
▲旭川で買った「ダブル親子飯」。数の子/にしんといくら/鮭の組み合わせ。ボリュームたっぷり。写真に撮らなかったですが、車内販売で買ったゴマのアイスクリームもおいしかった。
網走に15:09着。乗り継ぎに1時間ほど余裕があるので、網走の街を散策することに。
…何もないっす。
というか、人があまり歩いてません。駅前に出たときに、ぱっと見つけられた人の数3人とは…地方の過疎化が進んでいることを反映しているのか。何はともあれ、オホーツク海を見ようと思い、海の方へ。海岸へ出る道が意外と無くて、結局民家の軒先みたいなところを突破して海岸へ(大きなザックを背負った不審人物が通るのをどんな目で見ていたことか…)。
オホーツク海は寂しいです。天候が悪くなりつつあるということもありますが、鉛色の海は、なんとなく気を重くさせますね。侵食で崩れかけた堤防の階段もその雰囲気を一層濃いものに…
▲波に曝されて崩れかけの階段。徐々に人の手が入らなくなっていくのか。
どんどん雲が厚くなり、明日の知床の天気がどうなるか。不安を胸に、16:15発釧路行きで網走を後にしました。
(Vol.6につづく)
EFP(Effective Fragment Potential)は溶媒効果をより短時間で効果的に見積もる良い方法です。GAMESSでは任意の分子についてEFPを生成することができ(RUNTYP=MAKEFP@$CONTRL)、これを使ったエネルギー計算ができる…はずです。
が、しかし。なぜかうまくいかない。
例えば、メタノールのEFPを作成し、それを使ったエネルギー計算を考えます。
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY COORD=UNIQUE
MAXIT=200 NZVAR=0 ICHARG=0 $END
$SYSTEM TIMLIM=600 MWORDS=1 $END
$STATPT NSTEP=100 OPTTOL=0.0001 $END
$BASIS NGAUSS=6 GBASIS=N31 NDFUNC=1 $END
$SCF DIRSCF=.T. DAMP=.T. $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$DATA
H2O+MeOH(EFP)
C1
O 8.0 1.992917 0.010734 -0.295215
H 1.0 2.292830 0.023732 -1.353462
H 1.0 2.574928 0.767442 0.251279
$END
$EFRAG
COORD=CART
FRAGNAME=MEOHEF
H1 0.041076 0.427531 -0.166429
O2 -0.892956 0.548707 -0.075101
C3 -1.464756 -0.615528 0.450662
H4 -2.527379 -0.437428 0.539296
H5 -1.313812 -1.473785 -0.199802
H6 -1.073131 -0.852832 1.437022
$END
$MEOHEF
MeOH EFP generated by RHF/6-31G(d)
COORDINATES
H1 1.9716525440 1.5312061941 0.0001682062 1.0078250 1.0
O2 1.2848181609 -0.1198317028 -0.0000142593 15.9949100 8.0
C3 -1.3560443279 0.0248832368 0.0000040521 12.0000000 6.0
H4 -2.0652865003 -1.8910037154 -0.0002077587 1.0078250 1.0
H5 -2.0755705732 0.9823990420 1.6697934737 1.0078250 1.0
H6 -2.0755987998 0.9829336270 -1.6695758633 1.0078250 1.0
BO21 1.6282353525 0.7056872457 0.0000769735
BO32 -0.0356130835 -0.0474742330 -0.0000051036
BO43 -1.7106654141 -0.9330602393 -0.0001018533
BO53 -1.7158074506 0.5036411394 0.8348987629
BO63 -1.7158215638 0.5039084319 -0.8347859056
STOP
MONOPOLES
H1 -0.3629493980 1.00000
O2 -8.4102454288 8.00000
…
(中略)
…
$END
これは、PC GAMESS 7.0で予めRHF/6-31G(d)で最適化したメタノールからEFPを計算し、水分子にくっつけて計算を行おうとしたものです。私の目には、何も怪しいところは無いように思うのですが、計算を始めてみると、PC GAMESSでもWinGAMESS 06でも、必ず
READING $EFRAG GROUP
COORD=CART POSITION=OPTIMIZE POLMETHD=FRGSCF
READING COORDINATES OF FRAGMENT 1 NAMED MEOHEF
ERROR...READING FRAGMENT 2
EXPECTED KEYWORD "FRAGNAME", FOUND "H4 ".
となって止まります。なぜか$EFRAGの分子データは3行読んだところで終わりと判断し、4行目からは次のEFPだと考えているようです。これはEFRAGの入力形式をCARTからINTに変えても、EFPの原子ラベルを変更しても、原子の並び順を変更しても解決しません。
これってどういうことでしょう？
===おまけ==========
Winmostar用に、H2OEF2に適合した置換基データを作成しました。
forH2OEF2.zip(1KB)
2種類入っていて、Hの方で相互作用するパターン(-HOH(EF2).wmy)とOの方で相互作用するパターン(-OH2(EF2).wmy)となっています。PC GAMESSでは内蔵されているEFPの構造パラメータと、入力されたEFPの構造パラメータがずれているとエラーが発生するようなので、これを使えばそれを回避できます。
今回は稚内～旭川です。
9/17(Sun)、稚内駅を10:58に出発。ここから音威子府まで約2時間20分。時間帯的にも区間的にも乗降客数が少ないため、気兼ねなく足を伸ばして風景を眺めることができます。普通列車ですが、途中いくつかの駅は通過。すでにいくつかの駅は廃されていて、文明の後退が進んでいるかのよう。
▲稚内から幌延まではサロベツ原野が広がる。風化で独特の丸みを帯びた稜線が続く。
幌延を過ぎると、今度は天塩川沿いに進みます。ここからは渓谷美を堪能しながらの旅。崖下のわずかなスペースに線路を引いているようなところも多いです(当然近くに道路はなし。対岸の国道のみ)。佐久駅を過ぎると次の音威子府駅まではなんと18分！1駅の区間が非常に長いです。
音威子府には13:15着。ここに来たら、当然「黒そば」です。
▲音威子府駅の駅そば。殻ごと挽いた色の濃いそばが特徴。素朴な味です。
この駅そば、非常に繁盛しているように見えました。列車は1時間に1本来るか来ないかですが、鉄道利用者だけではなく車でわざわざ食べに来る人も居て、駅の待合室はなかなかどうして人が絶えません。
次に乗る列車までは2時間半(!)あったので、のんびりと街を散策することに。
…何もねェ…
本当に何も無いのです。ぶっちゃけ、駅構内の天北線展示スペースの方が時間をつぶせると思うくらい。近くに道の駅がありますが、これがまた小規模で、見るものは特になし。天塩川沿いを歩いたあと、土手を下ったところで、側溝の蓋の上にバッタが…こんなものでも追いかけたくなるほど何も無い、のどかな村です。
▲(左)天塩川の雄大な流れ(右)トノサマバッタの夫婦を発見。都会ではなかなか見れないですねぇ
街のあちらこちらに花壇があって、花がたくさん咲いていました。北海道では、どこに行っても結構花壇を整備しているところは多いですね。秋の花・コスモスが満開でした。下の写真の近くに黒そばの直売店があったので、そこで家にお土産としてセットを送りました(1800円くらいだったかな)。
▲駅前通の一角に、コスモスが。
待ち時間を1時間残して、駅に戻ってきてしまいました。駅の待合室には座敷エリアがあるので、そこでごろ寝。何気に贅沢な時間かも知れない…
15:45に特急サロベツ号に乗車。このサロベツ号、各座席の脇にコンセントがあって、携帯を充電したりノートPCを使ったりできます。早速、ちょっと残容量がやばかった携帯を充電しました。東京の通勤電車でもこういうのあったらいいのにと思ったり。
徐々に日も傾き始め、和寒(わっさむ)を過ぎる頃にはもう17:00を回っていました。ふと車窓をみると、きれいな夕焼けが…でもこれって天気が崩れる前兆のような…そう、台風は着実に接近しているのです(TT)
▲永山付近で撮影した夕焼け。きれいなんだけど…
この日の夜は、さらに美瑛まで足を伸ばして民宿「星の庵」へ。
(Vol.5につづく)
グルメというカテゴリーを作るべきか…
今週は多くの方が3連休だと思いますが、僕はなぜか思いがけず4連休。お陰で今日が金曜日じゃなくて土曜日のような気がして仕方ありません。。。
折角の連休なので、どこかにおいしいものを食べに行こうと、近所のうなぎ屋さん「うな仁」へ(近所かよ)。おいしいという話は聞いていたのですが、一度も足を運んだことがありませんでした。
で、当然注文するは最上級品「特松(2,100円)」。
▲携帯での撮影なので画質は…もっとおいしそうですよ、実物は。
以前に川越のいちのやに行ったときに食べたうなぎと比べて、ちょっと甘みが控えめでやや濃い目の味付け。お重の底のほうにある、たれとよくからまったご飯はちょっとしょっぱいかも。でもうなぎはなかなかどうして旨いです。非常に柔らかいですね。蒸しに時間をかけていることが伺えます(注文してから出てくるまで30分以上かかります)。
おいしいうなぎを食べさせてくれるお店をご存知の方、是非僕にも教えてください。あまり遠くなければ行って、食べて、レビューしたいと思います。