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もうこれは周知の事実なので今更書くまでもないことなのですが、WinGAMESSはddikickというノード間通信を制御するプログラムを使っています。これはシングルランでも同じで、常にネットワーク環境を監視しています。
で、1CPUで動かしている計算ならネットワークが切断されようが関係ないはずなのに、ネットワークの切断を検知するとfatal errorで計算が落ちます。昨日、すっかりそれを忘れていてネットワークを切ってしまい、10時間を費やしていた計算を落としてしまいました(涙 リスタートできたっけかな…
うちのネットワークは以下のようになってます。
[ワークステーション]--GbEクロス--[事務機]---802.11g---[無線Hub]---802.11a---[ノート]
事務機の電源を落とすとワークステーションのネットワークが切れるわけで…はぁ...
長い長いお盆休みもいよいよ最終日。本当に何もせずに終わりました。
唯一何かやったとしたら、9月に一週間ほどの日程で予定している北海道旅行のプランニングが大体終わったことぐらい。折角、仕事で北海道に行くので、ついでに有給休暇を連結して北海道を一周することにしたのです。
初めての北海道なので、広く浅く周ることを目標に、北は宗谷岬・利尻島，東は知床・納沙布岬，南は襟裳岬，他にも函館・小樽・美瑛を訪れる予定です。しかも車中泊を含む6泊7日で。これは北海道フリーパスの有効期限が制限になっています。物心付いて以来初めての飛行機，離島。そして青函トンネル。イベントは満載ですが、その分どこかで予定が狂ったときが大変です。どの予定も削りたくないですが…最終的には最後に行く襟裳岬が犠牲になるのでしょう(涙)。釧路湿原や札幌市街を素通りするなど問題山積の計画ですが、7日間という制約の下、限界まで詰め込んで楽しむ(苦しむ)つもりです。若いうちですよねーこういう旅行は。
話は変わって、ARIAの1stインプレッション。
#2 AIR-とりのうた と #13 ARIA -beyond the air- の2曲は、ボーカルの特徴がよく反映されたいい出来です。あ、よく思い出すと、Monolith Iを買ったときに手渡してくれたのは佳織みちるさんだったなぁ。あの場でARIAを買わなかった僕はどう映ったんでしょう？？
#13 ARIAのイントロは何か前作の某曲かと…
他の曲ですが、#1は次曲と合わせて一極の様な感じで流れがいいですね。よくある演出だとは思いますが。実は、個人的にはAIRをプレイしていない(今後も予定なし：恋愛シミュレーションは却下)せいか、これはいいなぁ…とはあまり思いませんでした(WAVEの皆さんごめんなさい)。AVALONの時は、こちらも原作を全く知らないにも関わらず『これは凄い』と思ったのですが…何が違うのでしょう？
WAVEのAIRアレンジ『ARIA』が届きました。
これから聴きます。ちなみに、例によって原作は一切知りません…(いいのかそれで)
Morrigan氏の新作「Monolith "I"」を、わざわざくそ暑い有明まで行って入手してきました。電車賃を入れたら1,500円以上(実売300円)。というか、これを買いに行かなくてはならないのなら、ARIAの予約はしなかった！
この300円のCD一枚のためにヲタに混じって並んだんですよ(お前もヲタだろ、という突っ込みは却下)。
久々の投稿、そして久々の計算化学の記事。
以前、GAMESSではMOPACのMEP計算のような計算ができないということを書きました。実は、今日CC-BBSで同じことが質問に出ていました。そこで再度挑戦したところ、なんとできてしまったわけです。
ちょっと裏技じみた(と思っているのは私だけ？)やり方ですが、こういうのを発見するのも、開発する立場ではなく使う立場の楽しみで…
基本はやはりSURFACE計算。
そしてRUNTP1=OPTIMIZEも変わりません。でも、直交座標系を使い、$STATPTのIFREEZで対象原子の座標(x,y,z)を固定することにより、擬似MEP計算へ導くことができます。
以下の入力は、メチレンジアミン(アミナール)がプロトン化された構造からアンモニアが脱離していく過程を、C-N(アンモニア)結合に沿った構造・エネルギー変化で追う計算です。
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=SURFACE COORD=UNIQUE
MAXIT=200 NZVAR=0 ICHARG=1 $END
$SYSTEM TIMLIM=600 MWORDS=1 $END
$STATPT NSTEP=500 OPTTOL=0.0001 IFREEZ(1)=1,2,3,4,5,6 $END
$BASIS NGAUSS=3 GBASIS=STO $END
$SCF DIRSCF=.T. FDIFF=.F. DAMP=.T. $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$SURF RUNTP1=OPTIMIZE IVEC1(1)=1,2 IGRP1(1)=2,6,7,8 ORIG1=0.0
DISP1=0.2 NDISP1=5 $END
$DATA
test
C1
C 6.0 -0.110256 -0.472297 -0.384997
N 7.0 1.172596 -0.033181 0.386590
N 7.0 -1.140348 0.487881 -0.041832
H 1.0 0.182512 -0.471211 -1.441351
H 1.0 -0.307033 -1.495451 -0.044485
H 1.0 1.441267 0.934725 0.112543
H 1.0 0.984592 -0.013030 1.410551
H 1.0 1.983248 -0.663218 0.211685
H 1.0 -1.936309 0.034042 0.421060
H 1.0 -1.482556 0.983506 -0.873140
$END
太字＆下線部が重要なキーワードです。これにより、平衡構造(C-N : 1.56Å)から0.2Åずつ1.66Åまで結合を伸ばしたときの構造とエネルギーの変化を追うことができます。この計算の出力は、Winmostarを使って各結合長での最適化の流れまで含めた形で可視化できます。これを使えるだけで、ずいぶんと反応解析はやりやすくなります。あとは、PC GAMESSで同じことをやる方法があるかどうか…(PC GAMESSでは$SURFにRUNTPnオプションがありません)
届きました。
175gということで(私が使っている卓球のラケットとほぼ同じ重量)、ちょっと重いかなと思いきや、めちゃくちゃ軽く感じます。今まで使ってた携帯がF505iTだったせいか、まったく重量的な違和感は感じません。
何よりQWERTYキーボードですよ奥さん。メールがすらすら打てますよ。調子に乗って何通も自分のPCに至近距離でメールを送りまくる自分…(まだ友人のデータ移してないもので)
もっさりしているという噂のWindows Mobileですが、とりあえず操作した感じではもっさり感はありません。むしろ以前の携帯よりはるかにサクサク感が。Windowsライクな操作感はなかなか。着信音は普通のmp3ファイルを使うことができ、早速、cranky氏のR176を軽めにエンコして着信音設定。音も意外と悪くない。低音の出が悪いのは言わないお約束です。
最初、W-SIMソケットのふたの開け方が分からず、かなり困ったのは公然の秘密です。
(きっと同じ境遇に陥った人はいるはず！)
昨日のGAMESS MLで、Conroe(Core 2 Duo)のベンチマーク結果が流れていました。
http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/PC%20GAMESS%20Conroe%20performance.html
私のWSとの比較は以下の通り。(数値はCPU Time，Sequential Execution．カッコ内はConroeを1とした相対値)
Test 2 (single-point semiempirical (PM3) energy plus gradient for large system (540 atoms, 2160 basis functions))
Athlon 64 X2 4400+ (2.2GHz,L2=1MB) 338.7 sec (1.78)
Core 2 Duo E6700 (2.66GHz,L2=4MB[share]) 190.1 sec (1.00)
Test 4, (single-point two-state MCQDPT2 energy with ISA energy denominators shift for small model system)
Athlon 64 X2 4400+ (2.2GHz,L2=1MB) 1258.7 sec (1.76)
Core 2 Duo E6700 (2.66GHz,L2=4MB[share]) 716.5 sec (1.00)
Athlon 64 X2がおよそ1.8倍かかる結果。クロック比が1.21ですから、凡そ1.4～1.5倍Conroeの方が高速と考えられます。もしXeon5160で4並列やったらどんだけ速いことやら…