PC GAMESSで外部基底関数ファイルを利用するには
PC GAMESSでは、WinGAMESSのcshのように環境変数を自由に設定できません(多分)。なので、最初は外部ファイルによる組み込み基底以外の基底系の読み込みは出来ないと思っていました。しかし、デフォルトが/dev/nullだったなぁ…と思って、その並びのパスをいろいろ作って試行錯誤していたところ、出力に「basis.libの読み込みエラー」といった字面を発見。これはもしや…
で、さっそく実行ファイルと同じフォルダに、basis.libというファイル名で外部基底関数ファイルを作成し、実行してみることに…すると、見事読み込んで計算を行ってくれました！これで、PC GAMESSでも長ったらしい$DATAセクションを書く必要が無くなります！
----2006/07/06追記----
詳しい使い方ですが、基本は外部の基底ファイルの読み込み法になります。ここでいうextbas.txtのファイル名をbasis.libに変更し、pcgamess.exeと同じ階層に置くだけです。ファイル内の外部基底関数の記述の仕方やどこから入手するかについては上記の記事を参照ください。
コメント
はじめまして
最近 PC-GAMESSはじめた者です
ネットで情報を集めていら
このサイトを発見
おぉ これからも拝見させていただきます
この PC-GAMESSでの 基底関数の追加には 驚きました。
自分も利用したいので できればもう少し詳しく利用方法教えていただけないでしょうか？
tata
投稿者: tata | 2006年07月06日 19:41
>tataさん
記事に詳細を書き加えました(ただのリンクですが)。ご参照ください。
投稿者: s2k | 2006年07月06日 19:55
遅くなりましたが
ありがとうございます！
無事 読み込む事ができました
まだ 初心者なのでこのサイトを頼りにさせていただきますね
おーーしガンガンやるぞう
投稿者: tata | 2006年07月10日 13:37
はじめまして。PC-GAMESSをよく使っている者ですが、EFPの使い方に
ついてはよく分からないところがあり、ここで尋ねてみることにしました。
分子、A,B,C,Dがあって、B,C,DをEFPソース、たとえば双極子モーメント
として扱うことにして直交座標で位置指定します。そしてAの構造最適化を
やりたいとします。
この場合、Aの構造をZ-matrixで与えたい場合があるのですが、EFPとの配置
関係はどのように指定するのでしょうか。
たとえばAの中のある原子aの座標を原点（0,0,0）としてEFP側の座標を
作成しても、Aの構造をZ-matrixで与えるとaを(0,0,0）には置いてくれず、
何か勝手な座標に置かれてしまうようです（出力ファイルを見ると）。
aを(0,0,0)に置くという条件はどこかで入れられるのでしょうか。
投稿者: IRON28 | 2006年11月23日 15:44
どちらかというと、EFPの記事にコメントしてもらえると嬉しかったのですが。
http://blog.3016.net/2006/06/effective_fragment_potential.html
ま、それはともかくご質問の件ですが、z-matrixには直交座標としての情報は入っていませんので、カーテシアンに変換したときは重心が原点になってしまいます。基本的にGAMESSでのEFP計算では、本体をz-matrixで指定したならばEFPもz-matrix(COORD=int)で指定し、本体をxyzで指定したならばEFPもxyz(COORD=CART)で指定するのが良いと思います(本体がxyzのときはEFPをintで指定してもいいでしょう)。
GAMESSでz-matrixの指定原子を原点に設定するというのは、私の知る限りできません。Gaussianならxyzとz-matrixを混合させて分子構造を指定できるので、例えばコア部分をxyzで指定し、そこから生やした部分はz-matrixで指定したりすることもできます。
投稿者: s2k | 2006年11月23日 18:50
ご回答ありがとうございます。コメント先間違えてすみませんでした。
そうですか、やっぱりZ-matrixでの原点指定はできないのですね。直交座標でやることにします。
投稿者: IRON28 | 2006年11月24日 12:49