s2k's eye 2nd Ed.

最近は専らPC GAMESS 7.0を利用している私ですが、日ごろDFTばかりつかっていて、MPxは全然計算に使っていませんでした。最近、S-O相互作用の計算にハマっていて、こういったあまり強くなさそうな相互作用には現在のDFTはあまり向かないのでMP2で計算するか、と思ったところ、並列では実行できません(何かドイツ語のエラーメッセージが出ます)。何でかなぁ…マニュアルにはMP2 gradientにp(parallel)って書かれているのに…

Googleで検索すると、すぐに解決。このページに作者からのコメントがあり、ver.7.0ではparallel MP2 gradientは実装されていないそうです。次のバージョン(7.1)で実装予定とのこと。期待しましょう。ちなみに、MP2 propertiesはサポートされています。

話は変わりますが、ワークステーションのHDD構成を以下のように変更しました。

《変更前》
HDD 0 (SATA150 RAID 0)
├C 80GB システム/計算ノード1
├E 120GB データ(1)
└F 120GB データ(2)
HDD 1 (PATA100)
├G 40GB 計算ノード2
├H 40GB データ(3)
└I 40GB データ(4)

《変更後》
HDD 0 (PATA100)
├C 50GB システム
└E 70GB データ
HDD 1 (SATA150)
└H 160GB 計算ノード1
HDD 2 (SATA150)
└I 160GB 計算ノード2

これにより、並列計算の際のノード間格差は解消されました。結果として、以前はPATAがボトルネックになってMAX=100だったのが(RAIDの意味なし)、ボトルネックはなくなりMAX=150になりました。もちろん、両方ともRAIDにすればよいのですが、それをやるお金はまだありません。実際、並列計算は以前より高速になっています。B3LYP/6-31G(d)がさくさく計算できるのは快感ですね！

投稿者: s2k 日時: 21:04 | パーマリンク | コメント (0)

予告していたBanias 1.6GHzを使ったマシンが完成しました。この書き込みもそのマシンから。これからは、ネット関連業務はこのBanias機でやることになります。

中身はこちら↓

ATXのケースにMicroATXのM/Bなので、下のほうがすっきりしてます。利用したM/B「IP-4MTI2H」はサウンド出力がないので、PCIスロットにSB Live! 5.1が一枚刺さってます。この板にはSATAインターフェースが搭載されているので、当然SATAのHDD(300GB)をつけました。熱の関係上、シャドウベイではなく5インチベイに裸で転がしてます(5インチベイ前面を一箇所空けて、後方吸気前方排気システムにしてます)。

M/Bの拡大写真↓

CPUファンはM/B付属のもので、ノースブリッジも同時に冷却する代物。意外と固定バネが硬く、コア欠けの不安がよぎるも無事装着。サーバ用途を想定しているM/Bなので、ヒートシンクも背が低いです。さすがはPentium Mで、フル稼働でもヒートシンクはぬるい程度。操作ももっさり感全くなしですこぶる快適です。

HDBENCH3.30の結果は以下の通り。

ALL Integer Float MemoryR MemoryW MemoryRW DirectDraw
39505 73549 74297 55290 32354 59988 59

Rectangle Text Ellipse BitBlt Read Write Copy Drive
22384 26794 8034 221 47760 44444 35226 C:\100MB

BitBltの結果とか散々ですが、DirectDrawはDirectX入れてないにも関わらず、GeForce FX 5200より上の結果。意外と855GMEは能力高い？？HDDはSATAとはいえ内部PCI接続なのでこんなものでしょうか。何にせよ、十分に満足できる結果です。日常の作業には全く問題ありません。
ちなみに、例のベンチマークはWinGAMESS06で115.5secでした。Dothan 2GHzで97.9secですから、健闘しているでしょう(HDDはSATAな分有利ですが)。
あとは、ヒートシンク付属のファンを、何か静かなファンで置き換えれば完璧でしょう。

投稿者: s2k 日時: 22:05 | パーマリンク | コメント (0)

現在、ワークステーションのRAIDに異常が発生しています。しかもRAID 0…
まぁぶっちゃけ復旧はほぼ100%不可能ということで、これを機に再構築します。よりによってシステムディスクがRAID 0なんて無謀なことをしてましたから…(涙

そんなわけで、メールも消失しています。懇意にして頂いている方には申し訳ありませんが、私宛にメールを頂ければ幸いです。とりあえず現状ではs2k_mobile@3016.net宛てでお願いします m(_ _)m

6/24 18:00
ワークステーションはひとまず使える状態まで復帰しました。しかし、当然中身は空っぽ。

投稿者: s2k 日時: 11:24 | パーマリンク | コメント (0)

以前のBlogで、ThinkPad T40のCPU換装の記録を公開しましたが、その時に余ったPentium M(Banias) 1.60GHzがまだ活用できていませんでした。そんな折、高速電脳で産業用MicroATX M/B「IP-4MTI2H」が当初の半額以下で限定叩き売りされているのを発見。これは買うしかない！ということで、メモリ，HDD，OS(WinXP SP2)を注文してしまいました。今回は代引きではなく銀行振込。これで親に「あんたまた何か買ったの！？」と言われる心配はないはず…
(実は、つい最近新しい卓球のラケット(コルベルST+Nodias2枚)を代引きで購入し、親に文句を言われたばかり。一応、自分のお金で買ったんですけど。)

ちなみに、このIP-4MTI2H(iPox製)はちょっと変わったM/Bで、まず拡張スロットとしてAGPスロットが無くPCIx3だけ(つまり実質オンボードVGA＝i855GMEのみ利用可能)。オーディオはオンボードだが入出力ジャックはバックパネルに無い。CF(type 2)カードスロットがオンボード(IDEのSecondary-master占有)。
一番のフィーチャーは、SATAポートを2つ備えていることでしょう。Banias板では珍しいかもしれません。内部はPCI接続なので、RAID対応ですがスピードは期待できません。単発運用ならちゃんとIDE(PATA)よりましになるでしょう。

私としては、グラフィックはオンボードで十分ですし、サウンドカード(SB Live! 5.1)を持っているので音声出力も問題なし。これで静かなPCが実現できれば、そちらを常時起動用にして日常業務(メールとかWeb閲覧・作成等)と音楽鑑賞に用いようと考えています。Banias 1.6GHzなら余裕ですね。ついでに電源もアダプタ式にしようか…(外部グラフィックカードが無いことだし)。折角のCFスロットですから、容量大き目のCFを挿して、メール等の保管フォルダに割り当てるというのも良いかも。

あぁ、完全に自作中毒者の妄想に突入…

投稿者: s2k 日時: 22:41 | パーマリンク | コメント (0)

何か、一週間ぐらい間が空いてしまいましたね。別に忙しかったわけでもないのですが…(仕事の時間は10時間のときもあれば6時間のときもあり、平均したら普通の8時間ぐらいですし)。

最近妙に寝不足でして、会社で仕事をしていても、頭がすっきりしていないのでミスをし掛けることしきり。ある意味危険な業務なので、こういう状況はあまりよろしくないです。。。
何で寝不足なのかいまいちわからないので、対策が打てずにいます。

今月の頭から光回線に移行したのですが、しばらく回線速度が上がらず、なんでだろうと思い悩んでいたのですが、MTU/RWin値を変えるのを忘れてました(ﾃﾍ
一応、無線使わずに直結で平均50Mbpsぐらいは出るようです。よかったよかった。

最近のお気に入りスタイルは、AquanoxとWhista 2.0です。
Aquanoxはずいぶん前にプレビュー(こんなん作ってみたんですけど、どう？公開する価値ある？って訊いてた)してたんですが、しばらく音沙汰なしで、折角良さそうなVSなのに、このままお蔵入りかな～と思っていたら、最近本公開されてました。プレビューよりも洗練されましたね。待ってた甲斐があった…
WhistaはAquanoxよりちょい前に公開されたVSで、こちらもなかなかです。Styler Toolbar「V 53xx」(URLわかりません…)との組み合わせがgood。

現在のワークステーションのデスクトップはこんな感じ↓

historyOneの聞き流し中…朝の6時に何をやってrｳﾜﾅﾆｦｽﾙﾔﾒtくぁｗせｄｒｆｔｇｙふじこｌｐ；

投稿者: s2k 日時: 06:13 | パーマリンク | コメント (0)

4年に一度のお祭りが始まりました。これからは眠気と戦いながらの観戦ということになりますね。
フランスは出られたことで目標達成，日韓共催では自国開催で決勝トーナメントに行けたから目標達成。ドイツでは、他国開催で決勝トーナメントに進むことが求められていることは言うまでもないですね…むしろ、今回がはじめてのちゃんとしたW杯へのチャレンジでしょう。

私にできるのはディスプレイの前で応援することだけですが、右手首に代表応援のリストバンドをつけて仕事をすることで、常に代表と共にある、という意思表示をしてます。
がんばれ、日本代表。いよいよ明日が初戦ですね。

投稿者: s2k 日時: 17:51 | パーマリンク | コメント (0)

PC GAMESSでは、WinGAMESSのcshのように環境変数を自由に設定できません(多分)。なので、最初は外部ファイルによる組み込み基底以外の基底系の読み込みは出来ないと思っていました。しかし、デフォルトが/dev/nullだったなぁ…と思って、その並びのパスをいろいろ作って試行錯誤していたところ、出力に「basis.libの読み込みエラー」といった字面を発見。これはもしや…

で、さっそく実行ファイルと同じフォルダに、basis.libというファイル名で外部基底関数ファイルを作成し、実行してみることに…すると、見事読み込んで計算を行ってくれました！これで、PC GAMESSでも長ったらしい$DATAセクションを書く必要が無くなります！

----2006/07/06追記----
詳しい使い方ですが、基本は外部の基底ファイルの読み込み法になります。ここでいうextbas.txtのファイル名をbasis.libに変更し、pcgamess.exeと同じ階層に置くだけです。ファイル内の外部基底関数の記述の仕方やどこから入手するかについては上記の記事を参照ください。

投稿者: s2k 日時: 23:04 | パーマリンク | コメント (6)

備忘録的に記録しておきます。
GAMESSでは、EFP(Effective Fragment Potential)を使ってよりリアルに溶媒効果を考慮することができるようになっています。要は、溶媒分子を予め量子力学で最適化し、諸々の特性(電荷、双極子、反発ポテンシャルetc...)を計算しておき(これがEFP)、目的の系に何個かくっつけて計算するわけです。さらに、その周りをPCMで囲うこともでき、安価でよりリアルな溶媒和を再現することができます。
(※ちなみにEFPの内部の座標はフリーズ扱いですので、系に合わせて動きません)

EFPにはEFP-1とEFP-2という二つのグレードがあって、RUNTYP=MAKEFPでdat(pun)ファイルに生成するEFPはEFP-2に該当します。問題は、構造最適化などのgradient計算にはEFP-1しか適用できず、EFP-1はGAMESSに収録された二種類の水分子しか用意されていないのです。つまり、現状ではEFPを使った溶媒和環境下での構造最適化は、水中しか行えないということです。次期バージョンでEFP-2が使えるようになることを期待しましょう。

実際の実行方法は以下の通りです。
通常の最適化入力に以下のセクションを加えます。

$EFRAG
COORD=INT
FRAGNAME=H2OEF2
O1 6 1.8 2 175 1 180
H2 7 0.95 6 109.5 2 60
H3 7 0.95 6 109.5 2 -60
$END

COORD=INTは、EFPの配置を内部座標(z-matrix)で指定することを意味し、デフォルトはCARTです。この行には他にもオプションがありますが、特に指定することはないと思います。
FRAGNAMEでEFPの名前を指定します。内部にH2OEF2とH2ODFTがありますが、ここでは前者を使っています。
EFPの空間配置を決定するには、３原子の位置を指定する必要があります。ですので、ここでは全ての原子の位置をz-matrixで指定しています。ちなみに、$DATAセクションから通し番号で考えればよいみたいです(上記の例は、$DATAセクションに６原子あって、O1はその6番目の原子から定義しています。そして、H2は先に定義したO1(これが7番になる)から定義しています)。
ちなみに、EFPの中のO1,H2,H3という記号は予め決められています。EFP-2を自作して計算する際も、EFP中の各原子にオリジナルな名前をつけて指定します。
また、EFP中の原子の空間配置と厳密に合わせなくても、方向が指示できればよいようです。上記の例は、EFPで定義されている結合長・結合角からずれていますが、勝手に修正して計算してくれます。

投稿者: s2k 日時: 16:56 | パーマリンク | コメント (0)

最近、同じPCでGaussian 03WとPC GAMESS 7.0の比較をすることが出来たので、取り急ぎ結果の貼り付け。

テストは、ジエチルエーテルの構造最適化。共通の初期構造から、RB3LYP/6-31+G(d)で、RFO method，opttol=0.00045，Direct SCF，internal coordinate，mem=6MWという共通条件を設定し、計算以外のタスクが極力無い状態で計算を行いました。

結果は以下の通り。

Gaussian 03W (rev.D.1)
total time: 482 sec
Nstep: 5
R(C-O): 1.4204 angs.
R(C-C): 1.5201 angs.
A(C-O-C): 113.45 deg.
A(C-C-O): 108.79 deg.

PC GAMESS (ver.7.0 build 3910)
total time: 357 sec
Nstep: 6
R(C-O): 1.4208 angs.
R(C-C): 1.5201 angs.
A(C-O-C): 113.40 deg.
A(C-C-O): 108.80 deg.(ave)

終了までの時間は、PC GAMESSが125秒(26%)速いという結果。しかし、収束に要したステップ数はGaussianの方が少なく、また構造の収束度もGaussianの方が良好か(GAMESSではA(C-C-O)が左右で0.007度違っている)。PC GAMESSはopttolのデフォルト値が0.0001とGaussianより厳しいのはこの点が考慮に含まれているのかも。構造最適化はGaussianが良い、というのはこの構造収束性故でしょうか。

この一回のベンチで断言など到底出来ませんが、DFTのサイクルはPC GAMESSの方がかなり速そうな印象。Granovsky先生GJ。

投稿者: s2k 日時: 01:43 | パーマリンク | コメント (0)