MoldenをWindowsで使う。
分子軌道計算プログラムの出力を可視化するツールは昔からたくさん作られてきましたが、とりわけ有名なものにMoldenがあります。GAMESS, Gaussian, MOPAC, AMPACに対応しており、主にUnix系プラットフォームで利用されています。
このMoldenはWindows上でも利用することができます(やや古めですが有名なこちらのページ参照)。そのためにはX Serverが必要になります。
フリーのX Serverが無いわけではないですが、私はHoron Linuxが開発している「X on Windows」のオフィシャルガイドブックに付属しているXoW LEを利用しました。本当は、最新版を使えばXのデスクトップウィンドウ無しで利用できるのですが、まぁ、これを起動するのにしか使わないと思うので、とりあえずこれでいいだろうと。
起動法は単純で、XoWをXモードで起動し、その後molden.exeをダブルクリックするだけ。
GAMESSで計算したフェロセンのデータを読み込んで、HOMOのユークリッド表示とOpenGLによるグラフィックを出してみました。
Moldenといえば、この等密度線ですね。このグラフィックはポストスクリプトファイルに落とすことができるので、さらにPDFに変換できます。ちなみに出来るファイルはこちら。Illustratorの平滑化機能で、折れ線を曲線化してます。
(4/15追記：おもちゃ箱の佐藤さんもmolden使ってたんですね。気が付いたのでTBしました。)