321LAN基底で最適化した錯体。
321LAN(3-21GとLANL2DZの複合)基底系で、Rh2(HCO2)4を構造最適化してみました。
↓Chemscape Chimeをインスコしてご覧下さい。
こいつの最適化中に出てくる、
「YOUR B MATRIX HAS A SMALL DETERMINANT.」
の意味と回避方法をご存知の方いらっしゃいますか？
(とりあえず正常に完走しましたが、気になるもので)
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321LAN(3-21GとLANL2DZの複合)基底系で、Rh2(HCO2)4を構造最適化してみました。
↓Chemscape Chimeをインスコしてご覧下さい。
こいつの最適化中に出てくる、
「YOUR B MATRIX HAS A SMALL DETERMINANT.」
の意味と回避方法をご存知の方いらっしゃいますか？
(とりあえず正常に完走しましたが、気になるもので)
コメント
Acrobatの複数ファイル検索機能でGAMESSのドキュメントPDFを検索してみたところ、PROG.DOC.pdf内に、
B matrix of redundant internal coords
という文字列が見つかりました。
「冗長内部座標のBマトリックス」ということだと思うのですが、これ以上のことはわかりません。
たぶん、最適化中に原子間距離がごく小さくなるといったことがあるのでしょう。
逆行列も使用されるようなので、行列式(DETERMINANT)が小さくなると、精度が落ちる、といった問題があるのだと思います。
投稿者: 佐藤 | 2006年03月25日 01:33
佐藤さんコメント有難うございます。
数学的基礎に乏しい私としては、その辺の話は理解しにくいところではありますが…
この最適化過程では、最適化構造以上に原子が異常に接近するようなことはありませんでした。どうもz-matrixの指定の問題のようで、原子の指定順を入れ替えたり、カーテシアンで計算すると何のエラーも出ずに最適化されました。z-matrixの指定を変えることでいろいろなエラーを回避することができたりするようですが、こうすれば必ず大丈夫ということでもないので困り者です。デフォルトではカーテシアンで計算するようにすることが最も単純なエラー回避手段ですね。今のところ。
投稿者: s2k | 2006年03月25日 09:06
そうでしたか。
もしかすると、対称性の高い構造であることが関係しているのかもしれませんね。
私は、対称性の高い分子が好きなので、いくらかでも対称性があれば、カーテジアンで、点群を指定して計算します。
かなり高速化されるみたいです。
点群は昔はさっぱりわかりませんでしたが、GAMESSを使うようになって勉強しなおし、今では分子モデルを見れば大体わかるようになりました。
（上の分子はD4hだと思います。）
投稿者: 佐藤 | 2006年03月25日 15:21